Транскрипционный анализ экспрессии генов островка VcB V. cholerae методом полногеномного секвенирования

Проведен анализ экспрессии генов V. cholerae, входящих в состав островка патогенности VcB, с помощью приема полногеномного секвенирования транскриптома. Островок обнаружен только у tcpA+ холерных вибрионов и расположен на второй хромосоме. В работе использовали два штамма V. cholerae О1 ctxA+ tcpA+ и один штамм V. cholerae O1 ctxA- tcpA-. Пул суммарной РНК выделяли по методике, основанной на дифференциальном осаждении, в присутствии ионов лития. В суммарном пуле секвенированной РНК была идентифицирована транслируемая РНК более 3 500 известных генов холерного вибриона. В составе пула суммарной РНК, выделенной из двух токсигенных штаммов, обнаружены РНК-транскрипты пяти генов, входящих в островок патогенности VcB, исключая ген VCA0282, идентифицированный ранее как ISV'ch5-транс-позаза. В составе пула суммарной РНК из штамма V. cholerae O1 ctxA- tcpA- не обнаружены транскрипты двух генов - ранее описанного VCA0282-транспозазы и VCA0283. Возможным объяснением может быть существование копий этих генов в других участках генома вибрионов ctx- tcpA-.

V. cholerae, островок VcB, транскриптом, полногеномное секвенирование, V. cholerae, VcB ISLAND, transcript, whole genomic sequencing

1. Водопьянов А. С., Водопьянов С. О., Мишанькин Б.Н., Олейников И.П., Дуванова О.В. Корреляция между наличием области вариабельного тандемного повтора VcB и островком патогенности VPI-1 у Vibrio cholerae // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2017. Т. 35. № 2. С. 49-52.

2. Кругликов В.Д, Ломов Ю.М., Рожков К.К., Мазрухо А.Б., Михась Н.К., Монахова Е.К., Каминский Д.И., Овсова Л.М. Влияние различных аминокислот и солей аммония в составе синтетической питательной среды на продукцию холерного энтеротоксина // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2003. № 3. С. 16-21.

3. Мишанькин Б.Н., Водопьянов А.С., Ломов Ю.М., Романова Л.В., Водопьянов С.О., Сучков И.Ю., Мишанькин М.Б., Черепахина И.Я., Дуванова О.В., Шишияну М.В. Ретроспективный VNTR-анализ генотипов штаммов Vibrio cholerae O1, выделенных на территории Ростовской области в годы VII пандемии холеры // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2004. №2 4. С. 28-33.

4. Писанов Р.В., Водопьянов А. С., Симакова Д.И. Роль малых РНК в контроле экспрессии генов, вовлеченных в реализацию патогенности Vibrio cholerae // Проблемы особо опасных инфекций. 2017. № 2. С. 36-39.

5. Титова С.В., Кругликов В.Д., Ежова М.И., Водопьянов А.С., Архангельская И. В., Водопьянов С. О., Москвитина Э.А. Анализ динамики выделения и биологических свойств штаммов V. cholerae O1 El-Tor, изолированных из водных объектов на территории Ростовской области с 2003-2014 гг. // Здоровье населения и среда обитания. 2015. №2 2 (263). С. 39-41.