sredobЗдоровье населения и среда обитания – ЗНиСОPublic Health and Life Environment – PH&LE2219-52382619-0788ФБУЗ ФЦГиЭ Роспотребнадзораsredob-430Research ArticleКОММУНАЛЬНАЯ ГИГИЕНАCOMMUNAL HYGIENEТранскрипционный анализ экспрессии генов островка VcB V. cholerae методом полногеномного секвенированияTranscription analysis of gene expression island VcB V. cholerae by method of full-genomic sequencingВодопьяновС. О.Vodop'janovS. O.serge100v@gmail.comВодопьяновА. С.Vodop'janovA. S.noemail@neicon.ruПисановР. В.PisanovR. V.noemail@neicon.ruИвановС. А.IvanovS. A.noemail@neicon.ruМишанькинБ. Н.Mishan'kinB. N.noemail@neicon.ruОлейниковИ. П.OlejnikovI. P.noemail@neicon.ruФКУЗ «Ростовский-на-Дону противочумный институт» РоспотребнадзораРоссияRostov-on-Don Plague Control Researsh InstituteRussian Federation2018190420210103941Copyright © Водопьянов С.О., Водопьянов А.С., Писанов Р.В., Иванов С.А., Мишанькин Б.Н., Олейников И.П., 20212021Водопьянов С.О., Водопьянов А.С., Писанов Р.В., Иванов С.А., Мишанькин Б.Н., Олейников И.П.Vodop'janov S.O., Vodop'janov A.S., Pisanov R.V., Ivanov S.A., Mishan'kin B.N., Olejnikov I.P.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://zniso.fcgie.ru/jour/article/view/430

Проведен анализ экспрессии генов V. cholerae, входящих в состав островка патогенности VcB, с помощью приема полногеномного секвенирования транскриптома. Островок обнаружен только у tcpA+ холерных вибрионов и расположен на второй хромосоме. В работе использовали два штамма V. cholerae О1 ctxA+ tcpA+ и один штамм V. cholerae O1 ctxA- tcpA-. Пул суммарной РНК выделяли по методике, основанной на дифференциальном осаждении, в присутствии ионов лития. В суммарном пуле секвенированной РНК была идентифицирована транслируемая РНК более 3 500 известных генов холерного вибриона. В составе пула суммарной РНК, выделенной из двух токсигенных штаммов, обнаружены РНК-транскрипты пяти генов, входящих в островок патогенности VcB, исключая ген VCA0282, идентифицированный ранее как ISV'ch5-транс-позаза. В составе пула суммарной РНК из штамма V. cholerae O1 ctxA- tcpA- не обнаружены транскрипты двух генов - ранее описанного VCA0282-транспозазы и VCA0283. Возможным объяснением может быть существование копий этих генов в других участках генома вибрионов ctx- tcpA-.

The aim of the study was to analyze the expression of V. cholerae genes that are part of the VcB island by means of full-genomic sequencing of the transcriptome. The VcB island is localized on the second chromosome in all toxigenic vibrios studied and is absent in the atoxigenic apiliated strains. Two strains of V. cholerae O1 ctxA+ tcpA+ and one strain V. cholerae O1 ctxA- tcpA- were studied. The pool of total RNA vibrios was isolated by a technique based on differential precipitation in the presence of lithium ions. In the total pool of sequenced RNA, RNA encoded in the order of 3 500 by known cholera vibrio genes was identified. In a pool of total RNA from two ctx + tcpA + strains RNA transcripts were found for the five genes included in the VcB island, excluding the VCA0282 gene, previously identified as the ISVch5-transposase. In the the pool of total RNA from the ctx- tcpA- strain no transcripts of the two genes previously described as VCA0282-transposase and VCA0283 were detected. A possible explanation may be the existence of copies of these genes in other parts of the genome of the ctxA- tcpA-V. cholerae.

V. choleraeостровок VcBтранскриптомполногеномное секвенированиеV. choleraeVcB ISLANDtranscriptwhole genomic sequencingReferencesВодопьянов А. С., Водопьянов С. О., Мишанькин Б.Н., Олейников И.П., Дуванова О.В. Корреляция между наличием области вариабельного тандемного повтора VcB и островком патогенности VPI-1 у Vibrio cholerae // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2017. Т. 35. № 2. С. 49-52.Водопьянов А. С., Водопьянов С. О., Мишанькин Б.Н., Олейников И.П., Дуванова О.В. Корреляция между наличием области вариабельного тандемного повтора VcB и островком патогенности VPI-1 у Vibrio cholerae // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2017. Т. 35. № 2. С. 49-52.Кругликов В.Д, Ломов Ю.М., Рожков К.К., Мазрухо А.Б., Михась Н.К., Монахова Е.К., Каминский Д.И., Овсова Л.М. Влияние различных аминокислот и солей аммония в составе синтетической питательной среды на продукцию холерного энтеротоксина // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2003. № 3. С. 16-21.Кругликов В.Д, Ломов Ю.М., Рожков К.К., Мазрухо А.Б., Михась Н.К., Монахова Е.К., Каминский Д.И., Овсова Л.М. Влияние различных аминокислот и солей аммония в составе синтетической питательной среды на продукцию холерного энтеротоксина // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2003. № 3. С. 16-21.Мишанькин Б.Н., Водопьянов А.С., Ломов Ю.М., Романова Л.В., Водопьянов С.О., Сучков И.Ю., Мишанькин М.Б., Черепахина И.Я., Дуванова О.В., Шишияну М.В. Ретроспективный VNTR-анализ генотипов штаммов Vibrio cholerae O1, выделенных на территории Ростовской области в годы VII пандемии холеры // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2004. №2 4. С. 28-33.Мишанькин Б.Н., Водопьянов А.С., Ломов Ю.М., Романова Л.В., Водопьянов С.О., Сучков И.Ю., Мишанькин М.Б., Черепахина И.Я., Дуванова О.В., Шишияну М.В. Ретроспективный VNTR-анализ генотипов штаммов Vibrio cholerae O1, выделенных на территории Ростовской области в годы VII пандемии холеры // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2004. №2 4. С. 28-33.Писанов Р.В., Водопьянов А. С., Симакова Д.И. Роль малых РНК в контроле экспрессии генов, вовлеченных в реализацию патогенности Vibrio cholerae // Проблемы особо опасных инфекций. 2017. № 2. С. 36-39.Писанов Р.В., Водопьянов А. С., Симакова Д.И. Роль малых РНК в контроле экспрессии генов, вовлеченных в реализацию патогенности Vibrio cholerae // Проблемы особо опасных инфекций. 2017. № 2. С. 36-39.Титова С.В., Кругликов В.Д., Ежова М.И., Водопьянов А.С., Архангельская И. В., Водопьянов С. О., Москвитина Э.А. Анализ динамики выделения и биологических свойств штаммов V. cholerae O1 El-Tor, изолированных из водных объектов на территории Ростовской области с 2003-2014 гг. // Здоровье населения и среда обитания. 2015. №2 2 (263). С. 39-41.Титова С.В., Кругликов В.Д., Ежова М.И., Водопьянов А.С., Архангельская И. В., Водопьянов С. О., Москвитина Э.А. Анализ динамики выделения и биологических свойств штаммов V. cholerae O1 El-Tor, изолированных из водных объектов на территории Ростовской области с 2003-2014 гг. // Здоровье населения и среда обитания. 2015. №2 2 (263). С. 39-41.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.