Preview

Транскрипционный анализ экспрессии генов островка VcB V. cholerae методом полногеномного секвенирования

Полный текст:

Аннотация

Проведен анализ экспрессии генов V. cholerae, входящих в состав островка патогенности VcB, с помощью приема полногеномного секвенирования транскриптома. Островок обнаружен только у tcpA+ холерных вибрионов и расположен на второй хромосоме. В работе использовали два штамма V. cholerae О1 ctxA+ tcpA+ и один штамм V. cholerae O1 ctxA- tcpA-. Пул суммарной РНК выделяли по методике, основанной на дифференциальном осаждении, в присутствии ионов лития. В суммарном пуле секвенированной РНК была идентифицирована транслируемая РНК более 3 500 известных генов холерного вибриона. В составе пула суммарной РНК, выделенной из двух токсигенных штаммов, обнаружены РНК-транскрипты пяти генов, входящих в островок патогенности VcB, исключая ген VCA0282, идентифицированный ранее как ISV'ch5-транс-позаза. В составе пула суммарной РНК из штамма V. cholerae O1 ctxA- tcpA- не обнаружены транскрипты двух генов - ранее описанного VCA0282-транспозазы и VCA0283. Возможным объяснением может быть существование копий этих генов в других участках генома вибрионов ctx- tcpA-.

Об авторах

С. О. Водопьянов
ФКУЗ «Ростовский-на-Дону противочумный институт» Роспотребнадзора
Россия


А. С. Водопьянов
ФКУЗ «Ростовский-на-Дону противочумный институт» Роспотребнадзора
Россия


Р. В. Писанов
ФКУЗ «Ростовский-на-Дону противочумный институт» Роспотребнадзора
Россия


С. А. Иванов
ФКУЗ «Ростовский-на-Дону противочумный институт» Роспотребнадзора
Россия


Б. Н. Мишанькин
ФКУЗ «Ростовский-на-Дону противочумный институт» Роспотребнадзора
Россия


И. П. Олейников
ФКУЗ «Ростовский-на-Дону противочумный институт» Роспотребнадзора
Россия


Список литературы

1. Водопьянов А. С., Водопьянов С. О., Мишанькин Б.Н., Олейников И.П., Дуванова О.В. Корреляция между наличием области вариабельного тандемного повтора VcB и островком патогенности VPI-1 у Vibrio cholerae // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2017. Т. 35. № 2. С. 49-52.

2. Кругликов В.Д, Ломов Ю.М., Рожков К.К., Мазрухо А.Б., Михась Н.К., Монахова Е.К., Каминский Д.И., Овсова Л.М. Влияние различных аминокислот и солей аммония в составе синтетической питательной среды на продукцию холерного энтеротоксина // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2003. № 3. С. 16-21.

3. Мишанькин Б.Н., Водопьянов А.С., Ломов Ю.М., Романова Л.В., Водопьянов С.О., Сучков И.Ю., Мишанькин М.Б., Черепахина И.Я., Дуванова О.В., Шишияну М.В. Ретроспективный VNTR-анализ генотипов штаммов Vibrio cholerae O1, выделенных на территории Ростовской области в годы VII пандемии холеры // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2004. №2 4. С. 28-33.

4. Писанов Р.В., Водопьянов А. С., Симакова Д.И. Роль малых РНК в контроле экспрессии генов, вовлеченных в реализацию патогенности Vibrio cholerae // Проблемы особо опасных инфекций. 2017. № 2. С. 36-39.

5. Титова С.В., Кругликов В.Д., Ежова М.И., Водопьянов А.С., Архангельская И. В., Водопьянов С. О., Москвитина Э.А. Анализ динамики выделения и биологических свойств штаммов V. cholerae O1 El-Tor, изолированных из водных объектов на территории Ростовской области с 2003-2014 гг. // Здоровье населения и среда обитания. 2015. №2 2 (263). С. 39-41.


Для цитирования:


Водопьянов С.О., Водопьянов А.С., Писанов Р.В., Иванов С.А., Мишанькин Б.Н., Олейников И.П. Транскрипционный анализ экспрессии генов островка VcB V. cholerae методом полногеномного секвенирования. Здоровье населения и среда обитания – ЗНиСО. 2018;(10):39-41.

For citation:


Vodop'janov S.O., Vodop'janov A.S., Pisanov R.V., Ivanov S.A., Mishan'kin B.N., Olejnikov I.P. Transcription analysis of gene expression island VcB V. cholerae by method of full-genomic sequencing. Public Health and Life Environment – PH&LE. 2018;(10):39-41. (In Russ.)

Просмотров: 6


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2219-5238 (Print)
ISSN 2619-0788 (Online)