Создание баз данных для систематизации результатов мониторинга антибиотикорезистентности

Введение. Изучение состава и антибиотикорезистентности бактериальных сообществ водоемов требует оперативной работы с большими объемами данных. Цель. Проводимые в Ростовском-на-Дону противочумном институте Роспотребнадзора мониторинговые исследования чувствительности/устойчивости патогенных и условно-патогенных микроорганизмов, выделенных в водоемах г. Ростова-на-Дону и Ростовской области, систематизированы, и на их основе созданы базы данных (БД), которые включают эпидемиологическую информацию о дате и источниках выделения изолятов, результаты видовой идентификации бактериальных штаммов, оценку их чувствительности/устойчивости к антибактериальным препаратам (АБП). Материалы и методы. Выделение, идентификацию и интерпретацию результатов определения чувствительности/ устойчивости к антибактериальным препаратам проводили для разных групп микроорганизмов с помощью стандартных методов. Результаты. Зарегистрированы БД «Фенотипы антибиотикорезистентности холерных вибрионов различных серогрупп, выделенных на территории Ростовской области» (2017621303 от 14 ноября 2017 г.) и БД «Спектр микрофлоры открытых водоемов г. Ростова-на-Дону, чувствительность/устойчивость к антибактериальным препаратам» (2017620158 от 28 февраля 2017 г.). Описан опыт формирования и использования БД для систематизации и анализа результатов исследований. Базы регулярно пополняются и обновляются в рамках ежегодного мониторинга, что позволяет не только контролировать и анализировать большие объемы разнородной информации, но и оперативно сравнивать полученные данные, анализировать чувстви-тельность/устойчивость микроорганизмов разных групп к широкому спектру АБП, а также наглядно демонстрировать результаты. Выводы. Разработанные базы данных предназначены, в первую очередь, для исследований, направленных на многопрофильное изучение большого числа микроорганизмов. Создание и развитие специализированных интернет-ресурсов открывают новые возможности для организации комплексного оперативного проведения мониторинга состояния антибиотикорезистентности в Российской Федерации.

компьютерные базы данных, антибиотикорезистентность, мониторинг, патогенные и условно-патогенные микроорганизмы, окружающая среда, computer databases, antibiotic resistance, monitoring, pathogenic and conditionally pathogenic microorganisms, environment

1. Ларцева Л.В., Обухова О.В., Бармин А.Н. Экологическая и биологическая опасность резистентности условно-патогенной микрофлоры к антибиотикам (ОБЗОР) // Российский журнал прикладной экологии. 2015. № 4 (4). С. 47-52.

2. Сухорукова М.В., Эйдельштейн М.В., Склеенова Е.Ю., и др. Антибиотикорезистентность нозокомиальных штаммов Entero-bacteriaceae в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования МАРАФОН в 2011-2012 гг. // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2014. Т. 16. № 4. С. 254-265.

3. Сухорукова М.В., Эйдельштейн М.В. Склеенова Е.Ю. и др. Антибиотикорезистентность нозокомиальных штаммов Acinetobacter spp. в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования МАРАФОН в 2011-2012 гг. // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2014. Т. 16. № 4. С. 266-272.

4. Журавлёв П.В., Панасовец О.П., Алешня В.В. и др. Антибиотикорезистентность бактерий, выделенных из воды открытых водоемов // Здоровье населения и среда обитания. 2015. № 5 (266). С. 24-26.

5. Кулмагамбетов И.Р. Современные подходы к контролю и сдерживанию антибиотикорезистентности в мире // Международный журнал прикладных и фундаментальных исследований. 2015. № 9-1. С. 54-59.

6. Обухова О.В., Ларцева Л.В., Лисицкая И.А. Санитарно-микробиологическая оценка гидроэкосистемы дельты Волги при антропогенном загрязнении // Гигиена и санитария. 2009. № 1. С. 8.

7. Монахова Е.В., Архангельская И.В. Холерные вибрионы нео1/ нео139 серогрупп в этиологии острых кишечных инфекций: современная ситуация в России и в мире // Проблемы особо опасных инфекций. 2016. № 2. С. 14-23.

8. Утепова И.Б., Сагиев З.А., Алыбаев С.Д. и др. Характеристика штаммов холерных вибрионов, выделенных на территории Казахстана // ACTA BIOMEDICA SCIENTIFICA. 2017. Т. 2. № 5-1 (117). С. 100-105.

9. Селянская Н.А., Веркина Л.М., Архангельская И.В. и др. Мониторинг антибиотикорезистентности штаммов холерных вибрионов неО1/не О139 серогрупп, выделенных из объектов окружающей среды в Ростовской области в 2011-2014 гг. // Здоровье населения и среда обитания. 2015. № 7 (268). С. 33-36.

10. Вечерковская М.Ф., Тец В.В. Создание базы данных для решения задач по систематизации результатов опытов, проводимых в ходе научных исследований в микробиологии // Ученые записки СПб ГМУ им. акад. И.П. Павлова 2015.Т. XXII. № 2. С. 64-67.

11. Березняк Е.А., Тришина А.В., Веркина Л.М. и др. Изучение видового разнообразия и антибиотикорезистентности микрофлоры водоемов г. Ростова-на-Дону // Гигиена и санитария. 2018. Т. 97. № 5 С. 405-410.

12. Bassetti M, Pecori D, Peghin M. Multidrug-resistant Gram-negative bacteria-resistant infections: epidemiology, clinical issues and therapeutic options. Ital J Med. 2016; 10(4):364-375. DOI: https:// doi.org/10.4081/itjm.2016.802

13. Curcio D. Multidrug-resistant Gram-negative bacterial infections: are you ready for the challenge? Curr Clin Pharmacol. 2014; 9(1):27-38. DOI: https://doi.org/10.2174/15748847113089990062

14. Port JA, Cullen AC, Wallace JC, et al. Metagenomic frameworks for monitoring antibiotic resistance in aquatic environments. Environ Health Perspect. 2014; 122(3):222-228. DOI: https://doi.org/10.1289/ ehp.1307009

15. Srinivasan V, Nam HM, Sawant AA, et al. Distribution of tetracycline and streptomycin resistance genes and class 1 integrons in Enterobacteriaceae isolated from dairy and nondairy farm soils. Microb Ecol. 2008; 55(2):184-93. DOI: https://doi.org/10.1007/s00248-007-9266-6 the global environmental microbiota. Front Microbiol. 2013; 4:96. DOI: https://doi.org/10.3389/fmicb.2013.00096

16. Delgado-Gardea MC, Tamez-Guerra P, Gomez-Flores R, et al. Multidrug-resistant bacteria isolated from surface water in Bassaseachic Falls National Park, Mexico. Int J Environ Res Public Health. 2016; 13(6):E597. DOI: https://doi.org/10.3390/ijerph13060597

17. Aminov RI, Mackie RI. Evolution and ecology of antibiotic resistance genes. FEMS Microbiol Lett. 2007; 271(2):147-161.

18. Gordon L, Cloeckaert A, Doublet B, et al. Complete sequence of the floR-carrying multiresistance plasmid pAB5S9 from freshwater Aeromonas bestiarum. J Antimicrob Chemother. 2008; 62(1):65-71.

19. Devarajan N, Laffite A, Mulaji CK, et al. Occurrence of antibiotic resistance genes and bacterial markers in a tropical river receiving hospital and urban wastewaters PLoS One. 2016; 11(2):e0149211. DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0149211

20. Piotrowska M, Popowska M. Insight into the mobilome of Aeromonas strains. Front Microbiol. 2015; 6:494. DOI: https://doi.org/10.3389/ fmicb.2015.00494

21. Yang Y, Song W, Lin H, et al. Antibiotics and antibiotic resistance genes in global lakes: A review and meta-analysis. Environ Int. 2018; 116:60-73. DOI: https://doi.org/10.1016/j.envint.2018.04.011

22. Mala W, Faksri K, Samerpitak K, et al. Antimicrobial resistance and genetic diversity of the SXT element in Vibrio cholerae from clinical and environmental water samples in northeastern Thailand. Infect Genet Evol. 2017; 52:89-95. DOI: https://doi.org/10.1016/]. meegid.2017.04.013

23. Rajpara N, Kutar BM, Sinha R, et al. Role of integrons, plasmids and SXT elements in multidrug resistance of Vibrio cholerae and Providencia vermicola obtained from a clinical isolate of diarrhea. Front Microbiol. 2015; 6:57. DOI: https://doi.org/10.3389/fmicb.2015.00057

24. Rashed SM, Hasan NA, Alam M, et al. Vibrio cholerae O1 with reduced susceptibility to ciprofloxacin and azithromycin isolated from a rural coastal area of Bangladesh. Front Microbiol. 2017; 8:252. DOI: https://doi.org/10.3389/fmicb.2017.00252

25. Rodriguez-Blanco A, Lemos ML, Osorio CR. Integrating conjugative elements as vectors of antibiotic, mercury, and quaternary ammonium compound resistance in marine aquaculture environments. Antimicrob Agents Chemother. 2012; 56(5):2619-26. DOI: https://doi.org/10.1128/ AAC.05997-11

26. Diep TT, Nguyen NT, Nguyen TN, et al. Isolation of New Delhi metallo-p-lactamase 1-producing Vibrio cholerae non-O1, non-O139 strain carrying ctxA, st and hly genes in southern Vietnam. Microbiol Immunol. 2015; 59(5):262-7. DOI: https://doi.org/10.1111/1348-0421.12248

27. Dutta D, Chowdhury G, Pazhani GP, et al. Vibrio cholerae non-O1, non-O139 serogroups and cholera-like diarrhea, Kolkata, India. Emerg Infect Dis. 2013; 19(3):464-467. DOI: https://doi.org/10.3201/ eid1903.121156

28. Li F, Du P, Li B, et al. Distribution of virulence-associated genes and genetic relationships in non-O1/O139 Vibrio cholerae aquatic isolates from China. Appl Environ Microbiol. 2014; 80(16):4987-92. DOI: https://doi.org/10.1128/AEM.01021-14

29. Thapa Shrestha U, Adhikari N, Maharjan R, et al. Multidrug resistant Vibrio cholerae O1 from clinical and environmental samples in Kathmandu city. BMC Infect Dis. 2015; 15:104. DOI: https://doi. org/10.1186/s12879-015-0844-9

30. Thungapathra M, Amita, Sinha KK, et al. Occurrence of antibiotic resistance gene cassettes aac(6’)-lb, dfrA5, dfrA12, and ereA2 in class I integrons in non-O1, non-O139 Vibrio cholerae strains in India. Antimicrob Agents Chemother. 2002; 46(9):2948-55. DOI: https:// doi.org/10.1128/aac.46.9.2948-2955.2002

31. Zhulin IB. Databases for microbiologists J Bacteriol. 2015; 197(15):2458-67. DOI: https://doi.org/10.1128/JB.00330-15

32. MacFadden DR, Fisman D, Andre J, et al. A platform for monitoring regional antimicrobial resistance, using online data sources: ResistanceOpen. J Infect Dis. 2016; 214(Suppl 4):S393-S398. DOI: https://doi.org/10.1093/infdis/jiw343