Нижегородский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии им. академика И.Н. Блохиной является одним из ведущих научных учреждений, ориентированных на получение новых знаний об актуальных и социально значимых инфекциях и на совершенствование способов и средств их диагностики, профилактики и лечения, и одним из старейших в стране: в 2019 году институт отмечает 100 лет со дня основания. За столь долгий период активной работы на благо здоровья населения страны институтом проделана огромная работа по борьбе с инфекциями, такими как бешенство, корь, коклюш, холера, различными кишечными, раневыми и другими заболеваниями, оказана помощь органам практического здравоохранения как путем непосредственного участия сотрудников в ликвидациях аварий, вспышек инфекционных заболеваний, так и путем внедрения научно-методических и информационно-методических разработок. На сегодняшний день в сферу научных интересов института входят вопросы эпидемиологии, диагностики и профилактики актуальных бактериальных и вирусных инфекций (вирусные гепатиты, ВИЧ/СПИД, энтеровирусные инфекции, ОКИ, ИСМП, НУГИ, ПВИ, оппортунистические, нейро-бронхолегочные инфекции, в том числе внебольничные пневмонии). Конструируются новые образцы пробиотических препаратов для корректировки микробиоценозов. Разработан и внедрен в практику работы органов и организаций Роспотребнадзора ПФО ГИС-проект «Электронный эпидемиологический атлас ПФО», начаты работы по созданию «Электронного эпидемиологического атласа России». Ведутся исследования по изучению эффективности и безопасности вакцинации. Проводятся работы по конструированию экспресс-тест-систем в формате белковых биочипов для выявления информативных показателей для иммунозависимой оценки риска различных заболеваний. Перешагнув 100-летний рубеж, институт по-прежнему востребован как центр научно-методического и научно-практического обеспечения эпидемиологического надзора Нижегородской области, Приволжского федерального округа и России в целом, и успешно выполняет свою благородную и нужную работу, способствуя защите населения от инфекционных болезней

Рассмотрены основные этапы разработки геоинформационного проекта «Электронный эпидемиологический атлас Приволжского федерального округа». Применение атласа позволяет изучать развитие эпидемического процесса включенных в базы данных атласа нозологий в пространственно-временной динамике и представлять результаты в виде отчетов, тематических карт, таблиц или графиков. В рамках дальнейшего совершенствования действующей геоинформационной системы, расширения ее функций для применения в других федеральных округах разработана Концепция создания геоинформационной системы (ГИС) «Эпидемиологический атлас России».

Исследована чувствительность к дезинфектантам и способность к формированию биопленки коагулазонегативных стафилококков, циркулирующих в детском стационаре г. Нижнего Новгорода. Показано, что наиболее часто резистентность к дезинфектантам и высокая степень биопленкообразования наблюдалась у культур S. haemolyticus. Проведено сравнение тестирования чувствительности к дезинфицирующему препарату «Авансепт» планктонных клеток коагулазонегативных стафилококков и этих же штаммов в форме биопленки. Установлено, что у штаммов, выращенных в форме биопленки, существенно возрастает резистентность к «Авансепту» по сравнению с планктонными культурами.

Исследованы 26 штаммов K. pneumoniae ssp. pneumoniae, выделенных от больных и объектов внешней среды в течение периода эпидемического неблагополучия в педиатрическом стационаре. Проведены идентификация штаммов и их кластеризация, изучение антибиотикочувствительности, детекция детерминант устойчивости к антибиотикам, полногеномное секвенирование. Установлено, что в отделении циркулирует один штамм, характеризующийся идентичными RAPD-паттернами и чувствительностью к антибиотикам из групп цефалоспоринов, монобактамов, аминогликозидов, карбапенемов, фторхинолонов, сульфаниламидов и глицилциклидов. Штамм устойчив к ампициллину (МИК > 16) и нитрофурантоину (МиК > 64). Полногеномное секвенирование позволило охарактеризовать штамм как K. pneumoniae ssp. pneumoniae ST 3181^К-54, анализ полногеномной последовательности показал наличие гена устойчивости к фосфомицину (fosA) и детерминант вирулентности - комплекса сидерофоров (аэробактина и энтеробактина), фимбрий 3 типа, системы утилизации железа kfu и кластера генов, ответственных за утилизацию аллантоина, что позволило рассматривать штамм как микроорганизм с высоким патогенным потенциалом, способный к быстрому распространению и диссеминированию в тканях.

При обследовании 4 122 пациентов с различными клиническими формами энтеровирусной инфекции (ЭВИ) в период 2017-2018 гг. тип энтеровируса был установлен в 2 753 случаях. Идентифицированы вирусы 42 типов, относящиеся к видам Enterovirus A-В-С. Соотношение видов ЭВ-А:ЭВ-В:ЭВ-С составило 51,29:47,06:1,65 %. В образцах из 413 ООС идентифицированы неполиомиелитные энтеровирусы 29 типов, три из которых -СА14, ЭВА76 и ЕСНО25 не были обнаружены в данный период у больных с ЭВИ. Доминирующим агентом в этиологической структуре ЭВИ в 2017 г. на большинстве территорий был вирус Коксаки А6, обусловивший резкий подъем заболеваемости экзантемными формами; ведущими этиологическими агентами энтеровирусного менингита (ЭВМ) являлись вирусы ЕСНО30, ЕСНО9, ЕСНО18. В 2018 г. в целом по России наблюдалось снижение заболеваемости как всеми формами ЭВИ, так и ЭВМ вследствие снижения активности циркуляции эпидемических вариантов вирусов Коксаки А6 и ЕСНО30. Эпидемический процесс ЭВМ в 2018 г. поддерживался активизировавшимися или сохранившими активность вирусами ЕСНО6, Коксаки В5, ЕСНО9, ЕСНО18 и другими вирусами вида Энтеровирус В. Сохраняющийся относительно высокий уровень заболеваемости экзантемными формами ЭВИ помимо вируса Коксаки А6 поддерживался активизировавшимися вирусами Коксаки А16, Коксаки А5 и другими вирусами вида Энтеровирус А. Результаты филогенетического анализа последовательностей генома доминировавших этиологических агентов ЭВИ указывают, что в 2018 г. состоялся множественный занос эпидемических вариантов энтеровирусов на территорию РФ, поддержавший эпидпроцесс ЭВИ/ЭВМ в целом по РФ и вызвавший осложнение эпидситуации в ряде субъектов. Не исключено, что этим событиям способствовал приезд большого числа болельщиков на Чемпионат мира по футболу 2018 и безвизовый въезд на территорию РФ для этой категории туристов до конца года.

Бактерии вида Cutibacterium (ранее Propionibacterium) acnes, с одной стороны, являются представителями нормальной микробиоты кожи человека, а с другой, - способствуют развитию воспалительных процессов, таких как акне, инфекционные осложнения в посттравматический и постоперационный период глаза (эндофтальмит), сердечно-сосудистой системы (эндокардит), центральной нервной системы и опорно-двигательного аппарата (остеомиелит), имплант-ассоциированные инфекции. Используются различные молекулярно-генетические подходы для определения эпидемически значимых генотипов, обладающих высоким патогенетическим потенциалом и генотипов низкопатогенных комменсалов. Впервые проведено полногеномное секвенирование штамма C. acnes A1-14, выделенного из толстого кишечника здорового человека. В результате выравнивания и объединения нуклеотидная последовательность генома составила 2 484 560 пар нуклеотидов. Согласно результатам генотипирования штамм относится к филотипу II, риботипу 6 и сиквенс-типу 7 (схема McDowell A. с соавторами) или 73 (схема Lomholt H.B., Kilian M.). Показано, что в геноме С. acnes A1-14 отсутствуют мобильные элементы, детерминанты патогенности и антибиотикорезистентности, мутации в генах 16S рРНК, 23S рРНК, gyrA, gyrB, parC, parE, установлено наличие CRISPR-Cas структуры. Обнаружена внехромосомная последовательность, принадлежащая геному бактериофага семейства Syphoviridae. С использованием электронно-микроскопического метода исследования дана морфологическая характеристика вириона бактериофага, присутствие которого в виде экстрахромосомной структуры характерно для многих штаммов C. acnes. Таким образом, результаты, полученные в нашем исследовании, дополняют представления о молекулярно-генетических особенностях штаммов C. acnes, выделенных из различных биотопов человека и являющихся представителями симбиотической микробиоты.

Урогенитальные микоплазмы (Mycoplasma genitalium, Mycoplasma hominis и Ureaplasma spp.) превалируют в настоящее время в этиологии инфекций урогенитального тракта и отличаются высоким уровнем генетического полиморфизма, ответственного за возникновение их антибиотикорезистентности. В обзоре представлены данные отечественных и зарубежных исследователей о механизмах устойчивости микоплазм и уреаплазм к антибиотикам, рассмотрены вопросы приобретения микоплазмами детерминант антибиотикорезистентности. Новые знания о механизмах устойчивости являются важной теоретической базой для совершенствования мероприятий по ограничению и предупреждению распространения антибиотикорезистентных бактерий.

Проведено изучение мутаций резистентности ВИЧ к антиретровирусным препаратам в период широкого применения антиретровирусной терапии и особенностей циркуляции субтипов вируса в субъектах Приволжского федерального округа (ПФО) в период с 2016 по 2018 г. на образцах плазмы крови ВИЧ-инфицированных пациентов. Проведены генотипирование мутаций резистентности к АРВП и статистический анализ. Выявлены наиболее распространенные мутации, детерминирующие резистентность в гене обратной транскриптазы, наиболее часто встречающиеся и специфические мутации. Анализ уровня распространенности мутаций устойчивости вируса к разным группам АРВП позволяет разработать подходы для предупреждения дальнейшего возникновения резистентных штаммов ВИЧ и минимизации их негативного воздействия на организм пациента. С развитием эпидемии наблюдается всё большее разнообразие в пейзаже субтипов ВИЧ-1, циркулирующих на территории ПФО. Паттерны точечных мутаций, связанных с неудачей АРВТ в различных субтипах, отличаются.

Гепатит А продолжает оставаться наиболее частой причиной вирусного гепатита. Выраженная автономность эпидемического процесса инфекции, полиморфность ее клиники и другие факторы затрудняют применение универсальных подходов прогнозирования заболеваемости гепатитом А. Целью настоящей работы являлась разработка комплексного подхода для оценки эпидемиологического риска развития гепатита А. Краткосрочное прогнозирование уровня инцидентности гепатита А в Н. Новгороде за период 1994-2017 гг. проводилось с помощью методов с расчетом максимальной стабильности и уравнения регрессии. Концентрирование возбудителя в сточных водах проводилось методом с использованием флизелиновых пакетов с макропористым стеклом. РНК возбудителя определялась методом ПЦР в режиме реального времени. Распространенность анти-ВГА IgG в Н. Новгороде изучалась иммуноферментным методом среди условно здорового населения возрастом от 1 года до 60 лет. Точность математического прогнозирования показателя заболеваемости гепатитом А в современных условиях оказалась малоэффективной. В современных условиях для адекватной оценки эпидемиологического риска развития гепатита А необходимо дополнять анализ данных регистрируемой заболеваемости мониторингом активности признаков активизации циркуляции возбудителя и параметрами популяционного специфического иммунитета. Такими предвестниками являются повышение частоты выявления анти-ВГА выше порогового значения в индикаторных возрастных группах детей 1-4 года и 5-9 лет, а также выявление РНК возбудителя в сточных водах до очистки.

Важнейшим средством борьбы с корью является живая коревая вакцина, высокая эпидемиологическая эффективность которой подтверждена полувековой практикой ее применения. Учитывая рост заболеваемости корью в последние годы, стоит вопрос о необходимости дополнительного повышения эффективности вакцинопрофилактики, в частности, за счет повышения иммуногенности применяемой вакцины. Для этого необходимо исследовать особенности действия имеющихся вариантов вакцины с целью выявления возможных путей их совершенствования. Исследовали действие коревой культуральной живой вакцины на созревание дендритных клеток человека - наиболее специализированных антигенпрезентирующих клеток, участвующих в индукции иммунного ответа. Показано, что инкубация незрелых моноцитарных дендритных клеток с вакциной in vitro запускает процесс их частичного созревания, что проявляется в увеличении количества клеток, несущих молекулы CD86, CD83 и ICOSL (CD275). В то же время у них наблюдается пониженный уровень экспрессии молекулы HLA-DR и хемокиновых рецепторов CCR7 и CXCR5, необходимых для миграции дендритных клеток в периферические лимфоидные органы. По нашему мнению, относительная слабость действия коревой вакцины на созревание дендритных клеток является фактором, ограничивающим иммуногенность вакцины, что необходимо учитывать при разработке новых вакцин против кори.