Современные молекулярно-генетические технологии в изучении интенсивности эпидемического процесса энтеровирусной инфекции в ряде субъектов Сибирского федерального округа Российской Федерации

Введение. Энтеровирусная инфекция (ЭВИ) широко распространена в мире, имеет разнообразные эпидемиологические и клинические проявления. Однако к настоящему времени информации о закономерностях эпидемического процесса этой инфекции на территории ряда субъектов Сибирского федерального округа Российской Федерации (СФО) накоплено недостаточно. Цель исследования. Были изучены особенности эпидемического процесса ЭВИ в охваченных наблюдением субъектах СФО, в том числе с использованием высокотехнологичных молекулярно-генетических методов исследования. Материалы и методы. Проведен анализ многолетней динамики заболеваемости ЭВИ в анализируемых субъектах СФО. Методом секвенирования определены 237 типов энтеровирусов, циркулировавших в 2017-2018 гг. в изучаемых регионах, проведен филогенетический анализ полученных нуклеотидных последовательностей возбудителей. Результаты. Эпидемиологическая ситуация в отношении энтеровирусной инфекции в большинстве анализируемых субъектов СФО за последние два года характеризовалась неблагополучием. Значительный подъем заболеваемости наблюдался в Иркутской области, Забайкальском крае и республике Алтай. В регионах Сибири установлены основные проявления эпидемического процесса ЭВИ, к которым относятся: многолетнее превышение среднероссийского уровня заболеваемости с тенденцией роста ежегодных показателей; преобладание герпангины, экзантемы и энтеровирусного менингита в клинической картине заболевания; доминирование среди заболевших лиц детей в возрасте 3-6 лет; превалирование вирусов Коксаки А-6 и Коксаки А-9 в пейзаже циркулирующих на территории ряда субъектов СФО энтеровирусов; регистрация групповых и завозных случаев заболеваний. Обсуждение. Результаты исследования продемонстрировали важность такого компонента эпидемиологического надзора за ЭВИ, как молекулярно-генетический мониторинг циркулирующих энтеровирусов, проводимый на современном методическом уровне и позволяющий выявлять возможные эпидемиологические связи случаев заболеваний.

энтеровирусная инфекция, энтеровирусы, заболеваемость, очаги групповой заболеваемости, молекулярно-генетический анализ, нуклеотидные последовательности, генотип, enterovirus infection, enteroviruses, incidence, foci of group incidence, molecular genetic analysis, nucleotide sequence, genotype

1. Канаева О.И. Энтеровирусная инфекция: многообразие возбудителей и клинических форм // Инфекция и иммунитет. 2014. Т. 4. № 1. С. 27-36.

2. Кожевникова Н.В., Резник В.И., Воронкова Г.М. и др. Проявления эпидемического процесса энтеровирусных инфекций в Дальневосточном федеральном округе // Дальневосточный журнал инфекционной патологии. 2008. № 13 (13). С. 9-17.

3. Мартынова Г.П., Кутищева И.А., Бойцова Е.Б. и др. Энтеровирусная инфекция у детей: клинико-эпидемиологические особенности на современном этапе. // Детские инфекции. 2016. Т. 15. № 3. С. 15-18.

4. Романенкова Н.И., Бичурина М.А., Голицына Л.Н. и др. Неполиомиелитные энтеровирусы, обусловившие подъем заболеваемости энтеровирусной инфекцией на 9. ряде территорий России в 2016 г. // Журнал инфектологии. 2017. Т. 9. № 3. С. 98-108.

5. Романенкова Н.И., Канаева О.И., Бичурина М.А., Розаева Н.Р. Детекция неполиомиелитных энтеро- 10. вирусов у детей с острыми вялыми параличами из организованных коллективов и семей мигрантов // Журнал инфектологии. 2014. Т. 9. № 3. С. 43-48.

6. Севостьянова А.В., Борисова Т.И., Гаврилова Т.А. и 11. др. Этиологическая характеристика энтеровирусной инфекции в Иркутской области на основе молекулярно-генетического типирования // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2018. Т. 36. 12. № 2. С. 93-98.

7. Сергеева И.В. Особенности течения энтеровирусной инфекции в Красноярском крае в августе-сентябре 13. 2016 года // Международный академический вестник. 2016. № 5 (17). С. 38-40.

8. Тевеленок О.Г., Королева Г.А., Далматов В.В., Опейкина Н.Н. Эпидемиологические аспекты энтеровирусной 14. инфекции в Красноярском крае // Здоровье населения и среда обитания. 1999. № 7. С. 21-25.

9. Тихонова Е.П., Андронова Н.В., Кузьмина Т.Ю. и др. Особенности клиники и эпидемиологии энтеровирусной инфекции в сезон 2016 г: в Красноярском крае // Успехи современной науки и образования. 2017. Т. 6. № 2. С. 107-111.

10. Хохлова З.А., Гилёва Р.А., Середа Т.В. и др. Клинико-эпидемиологические особенности энтеровирусного менингита в период сезонной вспышки 2015 года // Журнал инфектологии. 2016. Т. 8. № 3. С. 83-91.

11. Фомина С.Г., Голицына Л.Н., Новикова Н.А. и др. Молекулярно-генетическая характеристика энтеровирусов человека, обнаруженных у детей с гастроэнтеритом в Нижнем Новгороде // Медицинский Альманах. 2009. № 2 (7). С. 121-123.

12. Drummond AJ, Suchard MA, Xie D, etc. Bayesian phylogenetics with BEAUTi and the BEAST 1.7. Mol Biol Evol. 2012; 29(8):1969-73. D0I: 10.1093/molbev/mss075

13. de Graaf H, Pelosi E, Cooper A, et al. Severe enterovirus infections in hospitalized children in the South of England: clinical phenotypes and causative genotypes. Pediatr Infect Dis J. 2016; 35(7):723-7. D0I: 10.1097/INF.0000000000001093

14. Guo WP, Lin XD, Chen YP, et al. Fourteen types of co-circulating recombinant enterovirus were associated with hand, foot, and mouth disease in children from Wenzhou, China. J Clin Virol. 2015; 70:29-38. D0I: 10.1016/j. jcv.2015.06.093

15. He Y-Q, Chen L, Xu W-B, et al. Emergence, circulation, and spatiotemporal phylogenetic analysis of Coxsackievirus A6- and Coxsackievirus A10-Associated hand, foot, and mouth disease infections from 2008 to 2012 in Shenzhen, China. J Clin Microbiol. 2013; 51(11):3560-6. D0I: 10.1128/ JCM.01231-13

16. Lukashev AN, Shumilina EY, Belalov IS, et al. Recombination strategies and evolutionary dynamics of the human enterovirus A global gene pool. J Gen Virol. 2014; 95(4):868-73. D0I: 10.1099/vir.0.060004-0

17. Mirand A, Henquell C, Archimbaud C, et al. 0utbreak of hand, foot and mouth disease/herpangina associated with Coxsackievirus A6 and A10 infections in 2010, France: a large citywide, prospective observational study. Clin Microbiol Infect. 2012; 18(5):E110-8. D0I: 10.1111/j.1469-0691.2012.03789.x

18. Nguyen AT, Tran TT, Hoang VM, et al. Development and evaluation of a non-ribosomal random PCR and next-generation sequencing based assay for detection and sequencing of hand, foot and mouth disease pathogens. J Virol. 2016; 13:125. D0I: 10.1186/s12985-016-0580-9

19. Nix WA, 0berste MS, Pallansch MA. Sensitive, seminested PCR amplification of VP1 sequences for direct identification of all enterovirus serotypes from original clinical specimens. J Clin Microbiol. 2006; 44(8):2698-704.

20. Shapiro B, Rambaut A, Drummond AJ. Choosing appropriate substitution models for the phylogenetic analysis of protein-coding sequences. Mol Biol Evol. 2006; 23(1):7-9.

21. Puenpa J, Vongpunsawad S, Dsterback R, et al. Molecular epidemiology and the evolution of human Сoxsacklevirus A6. J Gen Virol. 2016; 97(12):3225-31. D0I: 10.1099/ jgv.0.000619