Preview

Здоровье населения и среда обитания – ЗНиСО

Расширенный поиск
Доступ открыт Открытый доступ  Доступ закрыт Только для подписчиков

Генетическое профилирование штаммов Salmonella enteritidis, выделенных на территории Ставропольского края в 2016–2019 гг.

https://doi.org/10.35627/2219-5238/2022-30-6-66-71

Полный текст:

Аннотация

Введение. В Ставропольском крае наиболее частым этиологическим агентом сальмонеллезов у людей является S. enteritidis, что соответствует общемировой тенденции. В связи с этим определение серовара дает мало информации в ходе эпидемиологического расследования и обуславливает необходимость субвидового типирования изолятов S. enteritidis.
Цель исследования: провести MLVA-типирование штаммов S. enteritidis, выделенных на территории Ставропольского края в 2016–2019 гг., проанализировать генетическую структуру популяции сальмонелл в регионе.
Материалы и методы. Исследовано 122 штамма S. enteritidis, изолированных в 2016–2019 гг. из проб испражнений больных острыми кишечными инфекциями в Ставропольском крае (г. Ставрополь и регион Кавказских Минеральных Вод (КМВ)). MLVA-типирование осуществляли по 5 вариабельным локусам. Размер амплифицированных локусов определяли методом капиллярного электрофореза.
Результаты. Исследуемые штаммы отличались высокой генетической гетерогенностью и относились к 25 MLVA-генотипам. На территории г. Ставрополя выявлены штаммы S. enteritidis принадлежащие к 24 MLVA-типам. Доминирующим геновариантом в г. Ставрополе являлся 3-10-5-4-1, к которому относилось 40 штаммов сальмонелл (44,4 %), выделенных в 2016–2019 гг. В отдельные годы возрастал удельный вес других геновариантов. В регионе КМВ были выделены штаммы, относящиеся к 7 MLVA-генотипам, большинство выделенных культур принадлежало к генотипу 3-10-5-4-1. В регионе КМВ ежегодно отмечалась смена доминирующего варианта S. enteritidis. Доминирующие на территории края MLVA-типы широко распространены в мире и обладают значительным эпидемическим потенциалом.
Заключение. Получены новые данные о MLVA-генотипах S. enteritidis, встречающихся на территории Ставропольского края (г. Ставрополь и регион КМВ). Определены доминирующие в регионе геноварианты, отмечены различия в соотношении циркулирующих MLVA-генотипов S. enteritidis в 2016–2019 гг., это определяет необходимость молекулярно-генетического мониторинга для оценки динамических изменений генетической структуры популяции сальмонелл в режиме реального времени. Полученные в результате работы данные могут быть использованы при эпидемиологическом анализе возможных случаев (вспышек) сальмонеллеза для определения источника и путей распространения инфекции.

Об авторах

Е. В. Чекрыгина
ФГБОУ ВО «Ставропольский государственный медицинский университет» Минздрава России
Россия

Чекрыгина Елена Владимировна – ассистент кафедры микробиологии

ул. Мира, д. 310, г. Ставрополь, 355017



О. В. Васильева
ФКУЗ «Ставропольский противочумный институт» Роспотребнадзора
Россия

Васильева Оксана Васильевнa – к.м.н., заведующая лаборатории диагностики бактериальных инфекций

ул. Советская, д. 13–15, г. Ставрополь, 355035



А. С. Волынкина
ФКУЗ «Ставропольский противочумный институт» Роспотребнадзора
Россия

Волынкина Анна Сергеевна – к.б.н., заведующая лабораторией диагностики вирусных инфекций

ул. Советская, д. 13–15, г. Ставрополь, 355035



Ю. А. Алехина
ФКУЗ «Ставропольский противочумный институт» Роспотребнадзора
Россия

Алехина Юлия Александровна – врач КЛД лаборатории диагностики бактериальных инфекций

ул. Советская, д. 13–15, г. Ставрополь, 355035



А. Н. Куличенко
ФКУЗ «Ставропольский противочумный институт» Роспотребнадзора
Россия

Куличенко Александр Николаевич – д.м.н., профессор, директор

ул. Советская, д. 13–15, г. Ставрополь, 355035



Список литературы

1. Hendriksen RS, Vieira AR, Karlsmose S, et al. Global monitoring of Salmonella serovar distribution from the World Health Organization Global Foodborne Infections Network Country Data Bank: results of quality assured laboratories from 2001 to 2007. Foodborne Pathog Dis. 2011;8(8):887-900. doi: 10.1089/fpd.2010.0787

2. Ziebell K, Chui L, King R, Johnson S, Boerlin P, Johnson RP. Subtyping of Canadian isolates of Salmonella Enteritidis using Multiple Locus Variable Number Tandem Repeat Analysis (MLVA) alone and in combination with Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) and phage typing. J Microbiol Methods. 2017;139:29-36. doi: 10.1016/j.mimet.2017.04.012

3. Inns T, Ashton PM, Herrera-Leon S, et al. Prospective use of whole genome sequencing (WGS) detected a multi-country outbreak of Salmonella Enteritidis. Epidemiol Infect. 2017;145(2):289-298. doi: 10.1017/S0950268816001941

4. Wattiau P, Boland C, Bertrand S. Methodologies for Salmonella enterica subsp. enterica subtyping: gold standards and alternatives. Appl Environ Microbiol. 2011;77(22):7877-7885. doi: 10.1128/AEM.05527-11

5. den Bakker HC, Allard MW, Bopp D, et al. Rapid whole-genome sequencing for surveillance of Salmonella Enterica serovar enteritidis. Emerg Infect Dis. 2014;20(8):1306-1314. doi: 10.3201/eid2008.131399

6. Ferrari RG, Panzenhagen PHN, Conte-Junior CA. Phenotypic and genotypic eligible methods for Salmonella Typhimurium source tracking. Front Microbiol. 2017;8:2587. doi: 10.3389/fmicb.2017.02587

7. Lienemann T, Kyyhkynen A, Halkilahti J, Haukka K, Siitonen A. Characterization of Salmonella Typhimurium isolates from domestically acquired infections in Finland by phage typing, antimicrobial susceptibility testing, PFGE and MLVA. BMC Microbiol. 2015;15:131. doi: 10.1186/s12866-015-0467-8

8. Liu Y, Shi X, Li Y, et al. The evaluation and application of multilocus variable number tandem repeat analysis (MLVA) for the molecular epidemiological study of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis infection. Ann Clin Microbiol Antimicrob. 2016;15:4. doi: 10.1186/s12941-016-0119-3

9. Mughini-Gras L, Franz E, van Pelt W. New paradigms for Salmonella source attribution based on microbial subtyping. Food Microbiol. 2018;71:60-67. doi: 10.1016/j.fm.2017.03.002

10. Muvhali M, Smith AM, Rakgantso AM, Keddy KH. Investigation of Salmonella Enteritidis outbreaks in South Africa using multi-locus variable-number tandem-repeats analysis, 2013–2015. BMC Infect Dis. 2017;17(1):661. doi: 10.1186/s12879-017-2751-8

11. European Centre for Disease Prevention and Control. ECDC Technical Document. Laboratory standard operating procedure for multiple-locus variable-number tandem repeat analysis of Salmonella enterica serotype Enteritidis. Stockholm: ECDC; 2016. doi: 10.2900/973540

12. Hopkins KL, Peters TM, de Pinna E, Wain J. Standardisation of multilocus variable-number tandem-repeat analysis (MLVA) for subtyping of Salmonella enterica serovar Enteritidis. Euro Surveill. 2011;16(32):19942.

13. Malorny B, Junker E, Helmuth R. Multi-locus variable-number tandem repeat analysis for outbreak studies of Salmonella enterica serotype Enteritidis. BMC Microbiol. 2008;8:84. doi: 10.1186/1471-2180-8-84

14. Peters T, Bertrand S, Björkman JT, et al. Multi-laboratory validation study of multilocus variable-number tandem repeat analysis (MLVA) for Salmonella enterica serovar Enteritidis, 2015. Euro Surveill. 2017;22(9):30477. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2017.22.9.30477

15. Silveira LS. Phenotypic and genotypic characterization of Salmonella spp. isolates in Portugal. Doctor of Biology thesis. NOVA University Lisbon; 2019. Accessed April, 25, 2022. http://hdl.handle.net/10362/91582

16. Bertrand S, De Lamine de Bex G, Wildemauwe C, et al. Multi locus variable-number tandem repeat (MLVA) typing tools improved the surveillance of Salmonella enteritidis: a 6 years retrospective study. PLoS One. 2015;10(2):e0117950. doi: 10.1371/journal.pone.0117950

17. European Food Safety Authority, European Centre for Disease Prevention and Control Multi-country outbreak of Salmonella Enteritidis phage type 8, MLVA profile 2-9-7-3-2 and 2-9-6-3-2 infections. Technical report EFSA. EFSA Supporting Publications. 2017;14(3):1188E. doi: 10.2903/sp.efsa.2017.EN-1188

18. Usein CR, Oprea M, Ciontea AS, et al. A snapshot of the genetic diversity of Salmonella Enteritidis population involved in human infections in Romania taken in the European epidemiological context. Pathogens. 2021;10(11):1490. doi: 10.3390/pathogens10111490

19. Кулешов К.В., Браславская С.И., Подколзин А.Т. Разработка и апробация методики MLVA-анализа с целью субтипирования изолятов S. Enteritidis. Молекулярная диагностика – 2010, Москва, 24–26 ноября 2010 года / Под редакцией В.И. Покровского. Москва: Киселева Н.В. 2010. С. 350–353.

20. Кулешов К.В., Подколзин А.Т., Рожнова. С.Ш. Сравнительная оценка молекулярно-генетических методов типирования изолятов S. Enteritidis в очагах групповой заболеваемости. Молекулярная диагностика – 2010, Москва, 24–26 ноября 2010 года / Под редакцией В.И. Покровского. Москва: Киселева Н.В. 2010. С. 353–357.

21. Рожнова С.Ш., Кулешов К.В., Павлова А.С. и др. Гетерогенность изолятов нетифоидных сальмонелл из различных источников выделения в Российской Федерации в 2010–2019 гг. // Эпидемиология и инфекционные болезни. 2020. Т. 25. № 1. С. 26–34. doi: 10.17816/EID35184


Рецензия

Для цитирования:


Чекрыгина Е.В., Васильева О.В., Волынкина А.С., Алехина Ю.А., Куличенко А.Н. Генетическое профилирование штаммов Salmonella enteritidis, выделенных на территории Ставропольского края в 2016–2019 гг. Здоровье населения и среда обитания – ЗНиСО. 2022;(6):66-71. https://doi.org/10.35627/2219-5238/2022-30-6-66-71

For citation:


Chekrygina E.V., Vasilyeva O.V., Volynkina A.S., Alekhina Yu.A., Kulichenko A.N. Genetic Profiling of Salmonella enteritidis Strains Isolated in the Stavropol Region in 2016–2019. Public Health and Life Environment – PH&LE. 2022;(6):66-71. (In Russ.) https://doi.org/10.35627/2219-5238/2022-30-6-66-71

Просмотров: 32


ISSN 2219-5238 (Print)
ISSN 2619-0788 (Online)