Журнал Здоровье населения и среда обитания – ЗНиСО учрежден и издается с 1993 года. Учредитель – ФБУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии» Роспотребнадзора (бывший Российский республиканский информационно-аналитический центр (РосРИАЦ).

Свидетельство о регистрации №0110743 от 03.06.1993 Министерства печати и информации РФ, а в дальнейшем перерегистрирован в Роскомнадзоре 22.09.2011 и 22.09.2017 (свидетельство о регистрации средства массовой информации ПИ №ФС77-71110 от 22.09.2017г.). Первым главным редактором журнала был заместитель Председателя Госкомсанэпиднадзора России А.А. Монисов.

В 2015 году журнал получил номер международной регистрации ISSN 2219-5238 (Print) и в 2019 году номер международной регистрации ISSN 2619-0788 (Online).

Редакционный совет и редакционная коллегия журнала представлены 48 ведущими российскими и иностранными учеными (Германия, Норвегия, Греция, Хорватия, Беларусь, Азербайджан, Казахстан), руководителями научных и иных организаций, среди них: 6 академиков, 2 члена-корреспондента РАН, 5 заслуженных деятеля наук РФ.  

С 2001 года и по настоящее время решением ВАК Минобрнауки России журнал «Здоровье населения и среда обитания – ЗНиСО» регулярно входит в «Перечень рецензируемых научных изданий, в которых должны быть опубликованы основные научные результаты диссертаций на соискание ученой степени кандидата наук, на соискание ученой степени доктора наук».

В 2015 году «ЗНиСО» вошел в коллекцию 1000 лучших российских журналов в составе базы данных RSCI (Russian Science Citation Index) на платформе Web of Science.

По состоянию на декабрь 2019 года согласно данным анализа «Российского индекса научного цитирования» (РИНЦ) двухлетний импакт-фактор для журнала «Здоровье населения и среда обитания – ЗНиСО»  составил – 0,660, а пятилетний – 0,618, (подробная информация на сайте: научной электронной библиотеки eLIBRARY.RU).