Etiological structure of enterovirus infections in the Russian Federation in 2017-2018

Type of enterovirus was detected in 2753 cases when examining 4122 patients with various clinical forms of enterovirus infection (EVI) during the 2017-2018 period. We identified viruses of 42 types belonging to Enterovirus A-B-С species. The ratio of EV-A: EV-B: EV-C species was 51.29 percent: 47.06 percent: 1.65 percent. In 413 environment samples 29 non-polio enteroviruses were identified, three of which, CA14, EVA76 and ECHO25, were not detected in the period in patients with EVI. The Coxsackie A6 virus, which caused a drastic increase in the morbidity of exanthema forms was the dominant agent in the etiological structure of EVI in 2017 in most areas; the leading etiological agents of enteroviral meningitis (ECM) were the ECHO30, ECHO9, ECHO18 viruses. There was a decrease in the morbidity of both all forms of EVI and computers due to a decrease in the activity of the circulation of epidemic variants of the Coxsackie A6 and ECHO30 viruses as a whole in Russia in 2018. The computer epidemic process in 2018 was supported by the become active or remained active viruses of ECHO6, Coxsacke B5, ECHO9, ECHO18 and other viruses of the Enterovirus B species. The remaining relatively high morbidity of exanthema forms of EVI in addition to the Koksaki A6 virus was supported by the activated viruses Koksaki A16, Koksaki A5 and other viruses of the Enterovirus A species. The results of phylogenetic analysis of genome sequences that dominated etiological agents of EVI indicate that in 2018 there was a multiple importation of enterovirus epidemic variants into the territory of the Russian Federation, which supported the EVI/ computer epidemiological process in the Russian Federation as a whole and caused a complication of the epidemiological situation in a number of subjects. It is possible that these events contributed to the arrival of a large number of fans at the 2018 FIFA World Cup and visa-free entry into the territory of the Russian Federation for this category of tourists until the end of the year.

энтеровирусная инфекция, менингит, экзантема, энтеровирусы, enterovirus infection, meningitis, exanthema, enteroviruses

1. Бичурина М.А., Романенкова Н.И., Новикова Н.А., Голицына Л.Н., Розаева Н.Р., Канаева О.И., Ермакова М.В., Камынина Л.С., Михайлова Е.А., Валдайцева Н.В., Леонова Н.П., Иванова Т.Г. Групповые заболевания энтеровирусной инфекцией, обусловленные вирусами Коксаки А16, на Северо-западе России // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2014. №2 2. С. 51-59.

2. Голицына Л.Н., Зверев В.В., Епифанова Н.В., Сашина Т.А., Кашников А.Ю., Созонов Д.В., Резайкин А.В., Сапега Е.Ю., НовиковамН.А. Неполиомиелитные энтеровирусы в Российской Федерации в 2017 году // Заболеваемость, этиологическая структура и вопросы профилактики энтеровирусной (неполио) инфекции [Электронный ресурс]. 2018. № 5. С. 5-12. Режим доступа: https://nniiem.ru/development/informanalit/ evi.html (дата обращения: 24.06.2019)

3. Голицына Л.Н. Зверев В.В., Парфенова О.В., Епифанова Н.В., Сашина Т.А., Кашников А.Ю., Григорьева Г.И., Новикова Н.А. Вирус Коксаки А6 в Российской Федерации в 2014 году // Дальневосточный журнал инфекционной патологии. 2015. №2 28. С. 12-20.

4. Голицына Л.Н., Зверев В.В., Сашина Т.А., Епифанова Н.В., Новикова Н.А. Эпидемические варианты неполиомиелитных энтеровирусов в Российской Федерации // Сборник трудов IX Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Молекулярная диагностика-2017», 18-20 апреля 2017 г. М., 2017. Т. 2. С. 351-352.

5. Голицына Л.Н., Зверев В.В., Селиванова С.Г., Пономарева Н.В., Кашников А.Ю., Созонов Д.В., Сашина Т.А., Епифанова Н.В., Новикова Н.А., Ефимов Е.И. Эпидемиологическая ситуация по энтеровирусной инфекции в РФ в 2018 году: заболеваемость, результаты лабораторной диагностики, прогноз на 2019 год // Заболеваемость, этиологическая структура и вопросы профилактики энтеровирусной (неполио) инфекции. 2019. № 6. С. 5-12. [Электронный ресурс]. Режим доступа: https://nniiem.ru/development/ informanalit/evi.html (дата обращения: 24.06.2019)

6. Морозова Н.С., Чернявская О.П., Михайлова Ю.М., Новикова Н.А., Голицына Л.Н., Зверев В.В., Фомина С.Г. Энтеровирусная (неполио) инфекция в Российской Федерации в сезон 2013 года // Здоровье населения и среда обитания. 2014. № 10. С. 34-37.

7. О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2018 году: Государственный доклад. М.: Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, 2019. 254 с.

8. Сапега Е.Ю., Бутакова Л.В., Троценко О.Е., Горяев Д.В., Дмитриева Г.М., Детковская Т.Н., Жданова Н.И., Зайцева Т.А., Игнатьева М.Е., Курганова О.П., Копылов П.В., Лапа С.Э., Пережогин А.Н., Рубцова А.А., Фунтусова О.А., Ханхареев С.С., Щучинов Л.В. Молекулярно-эпидемиологический анализ энтеровирусов, циркулирующих на территории Дальневосточного и Сибирского федеральных округов Российской Федерации, в том числе участвующих в возникновении очагов групповой заболеваемости // Дальневосточный журнал инфекционной патологии. 2018. №2 35 (35). С. 5-14.

9. Сапега Е.Ю., Бутакова Л.В., Троценко О.Е., Зайцева Т.А., Гарбуз Ю.А., Балахонов С.В., Каравянская Т.Н., Носков А.К., Лебедева Л.А., Резник В.И., Севостьянова А.В. Роль молекулярно-генетических методов исследования в выявлении потенциальных рисков завоза энтеровирусной инфекции на территорию Хабаровского края // Здоровье населения и среда обитания. 2018. № 2 (299). С. 44-51.

10. Broberg E.K., Simone B., Jansa J., The EU/EEA Member State Contributors. Upsurge in echovirus 30 detections in five EU/EEA countries, April to September, 2018. Euro Surveill, 2018, vol. 23 (44), pp. 1-12. DOI: 10.2807/1560-7917.ES.2018.23.44.1800537

11. Chen M., He S., Yan Q., et al. Severe hand, foot and mouth disease associated with Coxsackievirus A10 infections in Xiamen, China in 2015. J. Clin. Virol., 2017, vol. 93, pp. 20-24. DOI: 10.1016/j.jcv.2017.05.011

12. Drummond A.J., Suchard M.A., Xie D., Rambaut A. Bayesian phylogenetics with BEAUti and the BEAST 1.7. Mol. Biol. Evol., 2012, vol. 29 (8), pp. 1969-73.

13. Hassel C., Mirand A., Farkas A. et al. Phylogeography of coxsackievirus A16 reveals global transmission pathways and recent emergence and spread of a recombinant genogroup. J. Virol., 2017, vol. 91, pp. e00630-17. DOI:10.1128/JVI.00630-17

14. Karrasch M., Fischer E., Scholten M. et al. A severe pediatric infection with a novel enterovirus A71 strain, Thuringia, Germany. J. Clin. Virol., 2016, vol. 84, pp. 90-95.

15. Lugo D., Krogstad P. Enteroviruses in the early 21st century: new manifestations and challenges. Curr. Opin. Pediatr., 2016, vol. 28 (1), pp. 107-113. DOI: 10.1097/ MOP.0000000000000303

16. Messacar K., Schreiner T.L., Maloney J.A., et al. A cluster of acute flaccid paralysis and cranial nerve dysfunction temporally associated with an outbreak of enterovirus D68 in children in Colorado, USA. The temporal association of enterovirus D68 with acute flaccid paralysis is detailed in this article, expanding the ongoing debate regarding the neurotropism of this virus. The Lancet, 2015, vol. 385, pp. 1662-1671. DOI: 10.1016/S0140-6736(14)62457-0

17. Nix W.A., Oberste M.S., Pallansch M.A. Sensitive, seminested PCR amplification of VP1 sequences for direct identification of all enterovirus serotypes from original clinical specimens. J. Clin. Microbiol., 2006, vol. 44, pp. 2698-2704.

18. Puenpa J., Vongpunsawad S., Osterback R., et al. Molecular epidemiology and the evolution of human coxsackievirus A6. J. Gen. Virol, 2016, vol. 97 (12), pp. 3225-3231. DOI: 10.1099/jgv.0.000619

19. Tamura K., Peterson D., Peterson N. et al. MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods. Mol. Biol. and Evol., 2011, vol. 28. pp. 273-2739.

20. Zell R., Delwart E., Gorbalenya A.E. et al. ICTV Virus Taxonomy Profile: Picornaviridae. J. Gen. Virol., 2017, vol. 98 (10), pp. 2421-2422. DOI: 10.1099/jgv.0.000911