sredobЗдоровье населения и среда обитания – ЗНиСОPublic Health and Life Environment – PH&LE2219-52382619-0788ФБУЗ ФЦГиЭ Роспотребнадзора10.35627/2219-5238/2024-32-11-68-74sredob-2375Research ArticleЭПИДЕМИОЛОГИЯEPIDEMIOLOGYИзучение вирусов гриппа, выявленных в случаях с летальным исходом в Российской Федерации в эпидемическом сезоне 2023–2024 гг.Influenza Viruses Detected in Lethal Cases in the Russian Federation in the 2023–2024 Respiratory Virus Seasonhttps://orcid.org/0000-0001-8854-0287БолдыревН. Д.BoldyrevN. D.

Болдырев Никита Дмитриевич – младший научный сотрудник отдела зоонозных инфекций и гриппа

р.п. Кольцово,  Новосибирская область, 630559

Nikita D. Boldyrev, Junior Researcher, Department of Zoonotic Infectious Diseases and Influenza

Koltsovo, Novosibirsk Region, 630559

boldyrev_nd@vector.nsc.ruhttps://orcid.org/0000-0003-0556-0552ПановаА. С.PanovA. S.

Панова Анастасия Сергеевна – к.б.н., старший научный сотрудник отдела зоонозных инфекций и гриппа

р.п. Кольцово,  Новосибирская область, 630559

Anastasia S. Panova, Cand. Sci. (Biol.), Senior Researcher, Department of Zoonotic Infectious Diseases and Influenza

Koltsovo, Novosibirsk Region, 630559

panova_as@vector.nsc.ruhttps://orcid.org/0000-0001-8865-8592КолосоваН. П.KolosovaN. P.

Колосова Наталья Петровна – к.б.н., старший научный сотрудник отдела зоонозных инфекций и гриппа

р.п. Кольцово,  Новосибирская область, 630559

Natalia P. Kolosova, Cand. Sci. (Biol.), Senior Researcher, Department of Zoonotic Infectious Diseases and Influenza

Koltsovo, Novosibirsk Region, 630559

panova_as@vector.nsc.ruhttps://orcid.org/0000-0003-3214-2794ДаниленкоА. В.DanilenkA. V.

Даниленко Алексей Валерьевич – к.б.н., старший научный сотрудник отдела зоонозных инфекций и гриппа

р.п. Кольцово,  Новосибирская область, 630559

Alexey V. Danilenko, Cand. Sci. (Biol.), Senior Researcher, Department of Zoonotic Infectious Diseases and Influenza

Koltsovo, Novosibirsk Region, 630559

danilenko_av@vector.nsc.ruШадриноваК. Н.ShadrinovK. N.

Шадринова Кюнней Никифоровна – стажер-исследователь отдела зоонозных инфекций и гриппа

р.п. Кольцово,  Новосибирская область, 630559

Kiunnei N. Shadrinova, Research Intern, Department of Zoonotic Infectious Diseases and Influenza

Koltsovo, Novosibirsk Region, 630559

shadrinova_kn@vector.nsc.ruhttps://orcid.org/0000-0003-4573-5783СвятченкоС. В.SvyatchenkoS. V.

Святченко Светлана Викторовна – младший научный сотрудник отдела зоонозных инфекций и гриппа

р.п. Кольцово,  Новосибирская область, 630559

Svetlana V. Svyatchenko, Junior Researcher, Department of Zoonotic Infectious Diseases and Influenza

Koltsovo, Novosibirsk Region, 630559

svyatchenko_sv@vector.nsc.ruhttps://orcid.org/0000-0002-1547-1708ОнхоноваГ. С.OnkhonovaG. S.

Онхонова Галина Сергеевна – научный сотрудник отдела зоонозных инфекций и гриппа

р.п. Кольцово,  Новосибирская область, 630559

Galina S. Onkhonova, Researcher, Department of Zoonotic Infectious Diseases and Influenza

Koltsovo, Novosibirsk Region, 630559

onhonova_gs@vector.nsc.ruМуратоваА. Р.MuratovaA. R.

Муратова Алина Романовна – стажер-исследователь отдела зоонозных инфекций и гриппа

р.п. Кольцово,  Новосибирская область, 630559

Alina R. Muratova, Research Intern, Department of Zoonotic Infectious Diseases and Influenza

Koltsovo, Novosibirsk Region, 630559

muratova_ar@vector.nsc.ruhttps://orcid.org/0009-0001-6753-597XГончароваН. И.GoncharovaN. N.

Гончарова Наталья Игоревна – младший научный сотрудник отдела зоонозных инфекций и гриппа

р.п. Кольцово,  Новосибирская область, 630559

Natalia N. Goncharova, Junior Researcher, Department of Zoonotic Infectious Diseases and Influenza

Koltsovo, Novosibirsk Region, 630559

goncharova_ni@vector.nsc.ruhttps://orcid.org/0000-0001-6952-6412ГудымоА. С.GudymoA. S.

Гудымо Андрей Сергеевич – научный сотрудник отдела зоонозных инфекций и гриппа

р.п. Кольцово,  Новосибирская область, 630559

Andrei S. Gudymo, Researcher, Department of Zoonotic Infectious Diseases and Influenza

Koltsovo, Novosibirsk Region, 630559

gudymo_as@vector.nsc.ruhttps://orcid.org/0000-0002-1339-6732МарченкоВ. Ю.MarchenkoV. Y.

Марченко Василий Юрьевич – д.б.н., ведущий научный сотрудник отдела зоонозных инфекций и гриппа

р.п. Кольцово,  Новосибирская область, 630559

Vasiliy Y. Marchenko, Dr. Sci. (Biol.), Leading Researcher, Department of Zoonotic Infectious Diseases and Influenza

Koltsovo, Novosibirsk Region, 630559

marchenko_vyu@vector.nsc.ruhttps://orcid.org/0000-0002-7009-0748РыжиковА. Б.RyzhikovA. B.

Рыжиков Александр Борисович – к.б.н., заведующий отделом зоонозных инфекций и гриппа

р.п. Кольцово,  Новосибирская область, 630559

Alexander B. Ryzhikov, Cand. Sci. (Biol.), Head of the Department of Zoonotic Infectious Diseases and Influenza

Koltsovo, Novosibirsk Region, 630559

ryzhik@vector.nsc.ruФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» РоспотребнадзораРоссияState Research Center for Virology and Biotechnology “Vector”Russian Federation20240912202432116874Copyright © Болдырев Н.Д., Панова А.С., Колосова Н.П., Даниленко А.В., Шадринова К.Н., Святченко С.В., Онхонова Г.С., Муратова А.Р., Гончарова Н.И., Гудымо А.С., Марченко В.Ю., Рыжиков А.Б., 20242024Болдырев Н.Д., Панова А.С., Колосова Н.П., Даниленко А.В., Шадринова К.Н., Святченко С.В., Онхонова Г.С., Муратова А.Р., Гончарова Н.И., Гудымо А.С., Марченко В.Ю., Рыжиков А.Б.Boldyrev N.D., Panov A.S., Kolosova N.P., Danilenk A.V., Shadrinov K.N., Svyatchenko S.V., Onkhonova G.S., Muratova A.R., Goncharova N.N., Gudymo A.S., Marchenko V.Y., Ryzhikov A.B.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://zniso.fcgie.ru/jour/article/view/2375Введение

Введение. Грипп является высококонтагиозным заболеванием и может приводить к тяжелым осложнениям, а в некоторых случаях – к летальному исходу, особенно в группах населения повышенного риска. Для разработки и оптимизации мер профилактики и лечения необходим постоянный мониторинг и тщательное изучение вирусов сезонного гриппа, особенно от случаев с тяжелым течением.

Цель исследования

Цель исследования: изучение генетических и антигенных свойств вирусов гриппа, выявленных в случаях с летальным исходом в Российской Федерации в эпидемическом сезоне 2023–2024 гг.

Материалы и методы

Материалы и методы. В период с 29.09.2023 по 01.06.2024 методом ПЦР было исследовано 859 образцов от пациентов с диагнозом грипп (мазки из носоглотки) и 101 образец аутопсийного материала (фрагменты трахеи, бронхов, легких) от летальных случаев заболевания из 57 регионов Российской Федерации. Для образцов с достаточным количеством генетического материала было проведено полногеномное секвенирование с использованием платформы Illumina MiSeq.

Результаты

Результаты. Сезон гриппа в 2023–2024 гг. в Российской Федерации характеризовался доминированием вирусов A/H3N2 субклады 2a.3a.1. В меньшей мере в 2023–2024 гг. выявлялись вирусы гриппа A/H1N1pdm09 и гриппа типа B. В течение сезона наблюдалась дополнительная диверсификация вирусов A/H3N2 с накоплением аминокислотных замен в антигенных сайтах гемагглютинина. Большинство случаев заболевания гриппом с летальным исходом в 2023–2024 гг. было связано с группой риска, при этом наблюдался низкий процент вакцинированных среди данных случаев. В вирусах A/H3N2 от летальных случаев не выявлено мутаций, ассоциированных с повышенной патогенностью и вирулентностью. Во всех исследованных в 2023–2024 гг. вирусах не было выявлено молекулярных маркеров лекарственной устойчивости к ингибиторам нейраминидазы и балоксавиру марбоксилу.

Выводы

Выводы. Вирусы A/H3N2 от летальных случаев заболевания гриппом, исследованные в ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора в эпидемическом сезоне 2023–2024 гг., были схожи с вирусами, выявленными в течение сезона у пациентов с благоприятным течением гриппа. Выявленные вирусы были генетически и антигенно схожи с вакцинным штаммом и не имели маркеров повышенной патогенности и лекарственной устойчивости.

Introduction

Introduction: Influenza is a highly contagious disease which can cause severe complications and even death, particularly in high-risk populations. Continuous monitoring and careful testing of seasonal influenza viruses, especially for severe cases, is necessary to develop and optimize prevention and treatment.

Objective

Objective: To establish genetic and antigenic characteristics of influenza viruses detected in lethal cases in the Russian Federation in the 2023–2024 respiratory virus season.

Materials and methods

Materials and methods: From September 29, 2023 to June 1, 2024, 859 specimens from influenza cases (nasopharyngeal swabs) and 101 autopsy specimens of trachea, bronchi, and lungs from lethal cases of the disease from 57 regions of the Russian Federation were analyzed by PCR. For those with a sufficient amount of genetic material, whole-genome sequencing was performed using the Illumina MiSeq platform.

Results

Results: The 2023–2024 influenza season in the Russian Federation was characterized by the dominance of A/H3N2 viruses of subclade 2a.3a.1. Influenza A/H1N1pdm09 and influenza type B viruses were detected to a lesser extent in that period. Additional diversification of A/H3N2 viruses was observed during the season with accumulation of amino acid substitutions in the hemagglutinin antigenic sites. Most lethal cases were among those at high risk and unvaccinated. No mutations associated with increased pathogenicity and virulence were identified in A/H3N2 viruses from lethal cases. No molecular markers of drug resistance to neuraminidase inhibitors and baloxavir marboxil were identified in all viruses tested in the 2023–2024 season.

Conclusion

Conclusion: Influenza A/H3N2 viruses from the lethal cases of the diseases tested at the State Research Center for Virology and Biotechnology “Vector” in the 2023–2024 respiratory virus season were similar to those detected in recovered patients. The isolated viruses were genetically and antigenically similar to the vaccine strain and had no markers of increased pathogenicity or drug resistance.

гриппмониторинглетальные случаиA/H3N2вакцинацияinfluenzamonitoringlethal casesA/H3N2vaccinationисследование выполнено в рамках государственного задания ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора. Благодарности: авторы выражают особую благодарность сотрудникам ФБУЗ «Центров гигиены и эпидемиологии» Роспотребнадзора за помощь в сборе и анализе образцов вирусов гриппа.The study was conducted within the framework of the state assignment of the State Research Center for Virology and Biotechnology “Vector”. Acknowledgments: The authors express their sincere gratitude to the personnel of the Russian regional Centers for Hygiene and Epidemiology of the Federal Service for Surveillance on Consumer Rights Protection and Human Wellbeing for their assistance in collecting and testing influenza specimens.

Введение. Сезонные вирусы гриппа типа А и В вызывают ежегодные вспышки заболеваемости. Гриппозная инфекция у человека может протекать в тяжелой форме с развитием пневмонии, а в некоторых случаях приводить к летальному исходу, особенно в группах населения повышенного риска [1]. В наибольшей степени риску подвержены дети и пожилые люди, поэтому особенно важно отслеживать случаи заболеваемости в этих категориях населения и принимать своевременные действия по профилактике, диагностике и лечению заболевания.

Количество случаев с тяжелым течением может варьировать в зависимости от субтипов вирусов гриппа, доминирующих в циркуляции [2–6]. Также в геноме вирусов гриппа могут появляться мутации, ассоциированные с повышенной патогенностью [7–10].

Вирусы гриппа отличаются высокой генетической изменчивостью. Социркуляция вирусов сезонного гриппа с вирусом SARS-CoV-2 могла явиться дополнительным фактором в отборе более адаптированных вариантов вируса гриппа. С началом пандемии COVID-19 в мире резко снизилась циркуляция всех сезонных респираторных вирусов, включая вирусы гриппа [11][12]. В 2020–2021 гг. активность гриппа была значительно ниже межсезонных норм, с очень низким уровнем выявления вирусов гриппа A и B [13]. Возобновление циркуляции вирусов гриппа сопровождалось появлением и распространением новых групп вирусов, генетически и антигенно отличающихся от вариантов, циркулировавших до пандемии [14][15]. В связи с высокой антигенной изменчивостью вирусов гриппа ВОЗ ежегодно актуализирует состав вакцины против гриппа1.

Все вышесказанное подчеркивает необходимость постоянного мониторинга и тщательного изучения вирусов сезонного гриппа, особенно от случаев с тяжелым течением, для разработки и оптимизации мер профилактики и лечения.

Цель исследования: изучение генетических и антигенных свойств вирусов гриппа, выявленных в случаях с летальным исходом в Российской Федерации в эпидемическом сезоне 2023–2024 гг.

Материалы и методы. В ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора за период с 29.09.2023 по 01.06.2024 из 57 регионов Российской Федерации2 для подтверждающего тестирования и углубленного изучения поступило 859 образцов от пациентов с диагнозом грипп (мазки из носоглотки) и 101 образец аутопсийного материала (фрагменты трахеи, бронхов, легких) от летальных случаев заболевания, в которых в лабораториях территориальных ФБУЗ «Центров гигиены и эпидемиологии» Роспотребнадзора был определен вирус гриппа3. Исходный материал был собран в территориальных лечебных учреждениях после получения письменного информированного согласия от пациентов или их близких родственников в соответствии с законодательством Российской Федерации.

По итогам ПЦР-тестирования, проведенного в ГНЦ ВБ «Вектор», было подтверждено наличие генетического материала вирусов гриппа в пробах от 827 случаев заболевания, включая 97 случаев с летальным исходом. Из них в 784 случаях заболевания был идентифицирован генетический материал вируса гриппа A/H3N2 (94,8 %); в 17 случаях – вируса гриппа A/H1N1pdm09 (2,1 %); в 23 случаях – вируса гриппа В (2,8 %); в двух случаях была выявлена коинфекция вирусами гриппа подтипов A/H3N2, A/H1N1pdm09 и В (0,2 %); в одном случае была зарегистрирована коинфекция вирусами гриппа подтипов A/H1N1pdm09 и В (0,1 %). Из 97 случаев с летальным исходом 96 случаев были вызваны вирусом гриппа A/H3N2, а один случай был обусловлен коинфекцией вирусами гриппа A/H1N1pdm09 и B. При этом 71,1 % случаев с летальным исходом были связаны с группой риска по критериям ВОЗ4. Из них 57,7 % – пожилые люди старше 65 лет, 9,3 % – дети в возрасте до 5 лет, 4,1 % – лица с сопутствующими заболеваниями. Стоит отметить, что из 97 летальных случаев только 3,1 % были вакцинированы, при этом пациенты входили в группу риска по возрасту и сопутствующим заболеваниям.

Вирусы гриппа были выделены из носоглоточных мазков или фрагментов органов в культуре клеток MDCK. Анализ антигенных свойств выделенных вирусов проводили с помощью реакции торможения гемагглютинации (РТГА)5.

Для образцов с достаточным количеством генетического материала было проведено полногеномное секвенирование с использованием платформы Illumina MiSeq. Были получены последовательности генома вирусов гриппа от 358 случаев заболевания, в том числе 334 случаев гриппа A/H3N2, включая 62 случая с летальным исходом; 13 случаев гриппа A/H1N1pdm09; 11 случаев гриппа B.

Результаты

Генетические и антигенные свойства вирусов A/H3N2

Случаи с выздоровлением

Для 272 случаев заболевания гриппом A/H3N2 с выздоровлением были определены полные последовательности гена НА. При этом для 91 случая вирус был секвенирован из первичного клинического материала, в 126 случаях секвенирование проводилось после однократного пассирования вируса в культуре клеток MDCK, в 55 случаях секвенирование проводилось как для первичного материала, так и для выделенного изолята.

Генетический анализ показал, что все исследованные вирусы A/H3N2 принадлежали субкладе 3c.2a1b.2a.2a.3a.1 (2a.3a.1), являющейся дочерней по отношению к генетической группе 2а, представителем которой является вакцинный штамм для северного полушария 2023–2024 гг. A/Darwin/9/2021. Все проанализированные вирусы были генетически сходны с новым вакцинным штаммом, рекомендованным ВОЗ для 2024–2025 гг., A/Thailand/8/2022, который также принадлежит к субкладе 2a.3a.1 и имеет свойственные ей аминокислотные замены.

В 84,2 % исследованных вирусов в гене HA в антигенном сайте была обнаружена аминокислотная замена N122D. Эта замена также выявлялась в части вирусов субклады 2а.3a.1, выделенных в Океании, Европе, Северной Америке, Африке и Азии. Наряду с N122D были выявлены дополнительные аминокислотные замены в антигенных сайтах HA: в 19 вирусах – S145N, в пяти вирусах – S144N, в одном вирусе – S124N, в двух вирусах – S124R. Дополнительно в 10 вирусах в гене HA была выявлена аминокислотная замена T135A, в двух вирусах – T167A, в результате которых исчезает сайт гликозилирования. Генетический анализ остальных генов не выявил значимых мутаций, ассоциированных с повышенной патогенностью и вирулентностью.

Летальные случаи

Шестьдесят два вируса гриппа A/H3N2, выявленных в летальных случаях заболевания гриппом, были исследованы методом секвенирования. Для 46 летальных случаев заболевания гриппом A/H3N2 были определены полные последовательности гена НА вируса. При этом в 30 случаях секвенирование проводилось из первичного клинического или аутопсийного материала; в двух случаях секвенирование проводили после однократного пассирования в культуре клеток MDCK; в 14 случаях сиквенсы были получены как для первичного материала, так и для выделенного изолята.

Все исследованные вирусы A/H3N2 принадлежали субкладе 2a.3a.1 и были генетически сходны с вакцинным штаммом для сезона 2023–2024 гг. A/Darwin/9/2021, а также с вакцинным штаммом на 2024–2025 гг. A/Thailand/8/2022. Десять изолятов вируса гриппа A/H3N2, выделенных от летальных случаев заболевания, были исследованы в РТГА с иммунной сывороткой крови хорька, полученной на вакцинный штамм эпидемического сезона 2023–2024 гг. A/Darwin/09/2021. Титры сыворотки в РТГА с исследованными изолятами были равными гомологичному титру сыворотки или превосходили его, что свидетельствует об антигенном сходстве исследованных изолятов с вакцинным штаммом A/Darwin/09/2021.

По результатам генетического анализа 46 вирусов A/H3N2 у 93,4 % вирусов в гене HA в антигенном сайте обнаружена аминокислотная замена N122D. Наряду с N122D были выявлены дополнительные аминокислотные замены в антигенных сайтах HA: в четырех вирусах – S145N, в одном вирусе – N126S, в одном вирусе – мутация N165K. В двух вирусах генетический анализ HA выявил дополнительную замену T135A, в результате которой исчезает сайт гликозилирования. Генетический анализ остальных генов не выявил значимых мутаций, ассоциированных с повышенной патогенностью и вирулентностью.

Для 16 вирусов A/H3N2 от случаев с летальным исходом были получены частичные последовательности гена HA. Генетический анализ показал, что исследованные вирусы были гомологичны остальным вирусам A/H3N2 субклады 2a.3a.1, циркулировавшим в Российской Федерации в 2023–2024 гг. Анализ частичных последовательностей не выявил мутаций, связанных с повышенной патогенностью и вирулентностью.

Таким образом, все вирусы A/H3N2 от летальных случаев заболевания гриппом были схожи с вирусами, выявленными у пациентов с благоприятным течением гриппа. Они также относились к субкладе 2a.3a.1, маркеров повышенной патогенности и вирулентности в них выявлено не было.

Генетический анализ вирусов A/H1N1pdm09

В ходе исследования нами были определены полные последовательности гена НА для 13 вирусов гриппа А/H1N1pdm09, полученных от случаев заболевания гриппом с благоприятным исходом. При этом в девяти исследованных случаях для секвенирования использовали первичную клиническую пробу (носоглоточные мазки); в одном случае были отсеквенированы изоляты вирусов, прошедшие один пассаж в культуре клеток MDCK; в трех случаях геном вируса был отсеквенирован как из первичного материала, так и из соответствующего изолята, выделенного в клетках MDCK.

Генетический анализ показал, что все исследованные вирусы А/H1N1pdm09 принадлежат кладе 6B.1A.5a.2a. При этом во всех вирусах в гемагглютинине, помимо типичных для клады 6B.1A.5a.2a замен, выявлена аминокислотная замена I418V, в трех вирусах – замена P137S. Генетический анализ не выявил значимых мутаций, ассоциированных с повышенной патогенностью и вирулентностью.

В образце от летального случая, в котором были выявлены вирусы A/H1N1pdm09 и B/Victoria, было недостаточно генетического материала для секвенирования.

Все исследованные вирусы клады 5a.2a по последовательности НА были генетически близки вакцинному штамму A/Victoria/4897/2022 для Северного полушария для 2023–2024 гг., принадлежащему дочерней по отношению к кладе 5а.2а субкладе 5а.2а.1.

Генетический анализ вирусов гриппа B

Полные нуклеотидные последовательности гена НА были определены для 11 вирусов гриппа B (из них шесть вирусов были секвенированы из первичного клинического материала; четыре вируса были секвенированы после прохождения одного пассажа в культуре клеток MDCK; один вирус был секвенирован как из первичного материала, так и после пассирования в культуре клеток). Генетический анализ показал, что исследованные вирусы относятся к генетической линии B/Victoria и кладе V1A.3а.2. Все исследованные вирусы относились к подгруппе с характерной заменой D197E. В девяти вирусах была выявлена аминокислотная замена E128G, в двух вирусах – замена D129N. Охарактеризованные вирусы B/Victoria не имели мутаций, ассоциированных с повышенной вирулентностью и патогенностью.

Все исследованные в ГНЦ ВБ «Вектор» вирусы гриппа B/Victoria были генетически сходны с вакцинным штаммом для Северного полушария для 2023–2024 гг. B/Austria/1359417/2021.

Вирусов гриппа В/Yamagata в сезоне 2023–2024 гг. выявлено не было.

Чувствительность к лекарственным препаратам

Генетический анализ нейраминидазы (NA) 309 вирусов (290 – A/H3N2, 11 – A/H1N1pdm09, 8 – B/Victoria) показал, что NA всех исследованных вирусов не содержит молекулярных маркеров лекарственной устойчивости к ингибиторам нейраминидазы, согласно списку маркеров, предоставленному ВОЗ6.

Нуклеотидные последовательности PA 212 вирусов гриппа (199 – A/H3N2, 5 – A/H1N1pdm09, 8 – B/Victoria) были проанализированы на наличие мутаций, связанных с устойчивостью к балоксавиру марбоксилу, согласно данным ВОЗ7. Ни один из вирусов не имел маркеров, связанных с устойчивостью к балоксавиру марбоксилу.

Обсуждение. В эпидемическом сезоне 2023–2024 гг. общая активность сезонного гриппа в мире была аналогична сезону 2022–2023 гг. Преобладающие субтипы вирусов гриппа варьировались в зависимости от географических зон и стран.

С сентября 2023 г. вирусы A/H1N1pdm09 циркулировали по всему миру и доминировали в большинстве географических регионов, за исключением некоторых стран Восточной Европы, Российской Федерации и отдельных регионов Азии, в которых доминировали вирусы А/H3N2 или вирусы гриппа В [16][17]. Среди циркулировавших вирусов А/H1N1pdm09 преимущественно выявлялись вирусы двух субклад: 5a.2а (6B.1A.5a.2а) и 5а.2а.1 (6B.1A.5a.2а.1) в примерно равной доле, хотя их относительные пропорции различались в зависимости от региона. Вирусы субклады 5а.2а преобладали в Океании, на Ближнем Востоке, в Африке, Центральной Америке, а также в ряде стран Европы и Юго-Восточной Азии. Вирусы субклады 5a.2a.1 преобладали в Японии, странах Карибского бассейна, Бразилии, Соединенных Штатах Америки, а также в части стран Европы и Юго-Восточной Азии. В Российской Федерации среди небольшого количества выявленных в циркуляции вирусов А/H1N1pdm09 в 2023–2024 гг. доминировала подгруппа 6В.1А.5а.2а. Большинство циркулировавших в мире вирусов A/H1N1pdm09 соответствовали вакцинному штамму A/Victoria/4897/2022, в связи с чем он был включен в состав вакцины для Северного полушария для сезона 2024–2025 гг.8

Вирусы А/H3N2 доминировали в Российской Федерации и в нескольких регионах в Восточной, Средней и Южной Африке, Южной и Западной Азии. Подавляющее большинство вирусов A/H3N2, выявленных в циркуляции с сентября 2023 г. во всех географических регионах, принадлежали кладе 3C.2a1b.2a.2 и относились к субкладе 2а.3а.1. Вирусы этой субклады имеют 7 характерных аминокислотных замен в гемагглютинине по сравнению с вакцинным штаммом для северного полушария на 2023–2024 гг. A/Darwin/9/2021: E50K, D53N, N96S, I140K, I192F, I223V, N378S. Вирусы A/H3N2 субклады 2a.3a.1 были генетически и антигенно сходны с вакцинным штаммом для южного полушария на 2024 г. A/Thailand/8/2022, который содержит все характерные для данной субклады аминокислотные замены9,10. В течение сезона 2023–2024 гг. внутри субклады 2а.3а.1 наблюдалась дополнительная диверсификация вирусов A/H3N2 с накоплением аминокислотных замен в антигенных сайтах HA. Высокая антигенная изменчивость вирусов A/H3N2 коррелирует с более высокой скоростью накопления мутаций по сравнению с другими вирусами гриппа [18]. Сыворотки хорьков, полученные против вакцинного вируса A/Darwin/9/2021, распознавали большинство циркулировавших вирусов A/H3N2, включая диверсифицировавшие субклады. Однако некоторые вирусы субклады 2а.3а.1 показали пониженную распознаваемость11. В связи с этим ВОЗ было принято решение рекомендовать включение в состав вакцины для северного полушария для сезона 2024–2025 гг. нового штамма A/Thailand/8/2022.

В глобальном масштабе количество случаев обнаружения вируса гриппа B было ниже, чем количество случаев гриппа A. Однако вирусы гриппа B преобладали в умеренных широтах Южной Америки, в Центральной и Южной Африке. Все вирусы гриппа B, для которых была определена генетическая линия, принадлежали к линии B/Victoria и кладе V1A.3а.2. Большинство циркулировавших в 2023–2024 гг. вирусов B/Victoria были генетически и антигенно сходны с вакцинным штаммом B/Austria/1359417/2021, поэтому он был включен в состав вакцины для Северного полушария для сезона 2024–2025 гг.12

По результатам мониторинга вирусов сезонного гриппа, проведенного ГНЦ ВБ «Вектор», в Российской Федерации в эпидемическом сезоне 2023–2024 гг. преимущественно выявлялись вирусы гриппа А/H3N2, в то время как вирусы гриппа A/H1N1pdm09 и B выявлялись в циркуляции значительно реже, что также соотносится с данными FluNet13. В большинстве образцов от летальных случаев, поступивших в ГНЦ ВБ «Вектор» в 2023–2024 гг., были выявлены вирусы гриппа А/H3N2, и только в одном образце за сезон был выявлен генетический материал двух вирусов гриппа – А/H1N1pdm09 и B.

В вирусах А/H3N2, выявленных нами в летальных случаях гриппа в 2023–2024 гг., не было обнаружено мутаций, связанных с повышенной патогенностью и вирулентностью. При этом стоит отметить, что большинство исследованных нами летальных случаев гриппа в сезоне 2023–2024 гг. было связано с группой риска (71,1 %), как и в предыдущие эпидемические сезоны [6][10][19–21]. В связи с этим необходимо уделять особое внимание категориям населения повышенного риска при реализации мер профилактики, диагностики и лечения сезонного гриппа. Кроме того, при охвате вакцинацией более 50 % населения Российской Федерации накануне сезона 2023–2024 гг.14, среди исследованных нами случаев с летальным исходом отмечался очень низкий процент вакцинированных пациентов (3 % случаев). Эти данные подчеркивают важность вакцинации для контроля заболеваемости гриппом.

Генетические и вирусологические исследования циркулировавших вирусов гриппа в Российской Федерации и в мире в сезоне 2023–2024 гг. с высокой надежностью позволяют предположить, что вакцина, рекомендованная ВОЗ для северного полушария для эпидемического сезона 2024–2025 гг., должна обладать надлежащей протективностью в отношении ожидаемых в циркуляции вирусов гриппа A и B.

Выводы

1. Recommended composition of influenza virus vaccines for use in the 2024-2025 northern hemisphere influenza season. [Электронный ресурс]. Режим доступа: https://www.who.int/publications/m/item/recommended-composition-of-influenza-virus-vaccines-for-use-in-the-2024-2025-northern-hemisphere-influenza-season (дата обращения: 25.10.2024). 2. Алтайский край, Амурская область, Белгородская область, Брянская область, Волгоградская область, Вологодская область, Воронежская область, Еврейская автономная область, Забайкальский край, Иркутская область, Калининградская область, Камчатский край, Карачаево-Черкесская Республика, Кемеровская область, Краснодарский край, Красноярский край, Курганская область, Курская область, Липецкая область, Магаданская область, Мурманская область, Нижегородская область, Новосибирская область, Омская область, Пензенская область, Пермский край, Приморский край, Псковская область, Республика Алтай, Республика Бурятия, Республика Дагестан, Республика Ингушетия, Республика Калмыкия, Республика Крым, Республика Марий Эл, Республика Саха (Якутия), Республика Северная Осетия – Алания, Республика Татарстан, Республика Тыва, Республика Хакасия, Самарская область, Саратовская область, Сахалинская область, Свердловская область, Ставропольский край, Тамбовская область, Тверская область, Томская область, Тюменская область, Ульяновская область, Хабаровский край, Ханты-Мансийский автономный округ, Челябинская область, Чеченская Республика, Чукотский автономный округ, Ямало-Ненецкий автономный округ, Ярославская область. 3. Центры гигиены и эпидемиологии в субъектах Российской Федерации. https://rospotrebnadzor.ru/region/structure/str_fguz.php 4. WHO. Influenza (Seasonal). [Электронный ресурс]. Режим доступа: https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/influenza-(seasonal) (дата обращения: 25.10.2024). 5. WHO. Global Influenza Programme. Manual for the laboratory diagnosis and virological surveillance of influenza. WHO, 2011. [Электронный ресурс]. Режим доступа: https://www.who.int/publications/i/item/manual-for-the-laboratory-diagnosis-and-virological-surveillance-of-influenza (дата обращения: 25.10.2024). 6. Summary of neuraminidase (NA) amino acid substitutions associated with reduced inhibition by neuraminidase inhibitors (NAIs). [Электронный ресурс]. Режим доступа: https://www.who.int/publications/m/item/summary-of-neuraminidase-(na)-amino-acid-substitutions-associated-with-reduced-inhibition-by-neuraminidase-inhibitors-(nais) (дата обращения: 25.10.2024). 7. Summary of polymerase acidic (PA) protein amino acid substitutions analysed for their effects on baloxavir susceptibility. [Электронный ресурс]. Режим доступа: https://www.who.int/publications/m/item/summary-of-polymerase-acidic-(pa)-protein-amino-acid-substitutions-analysed-for-their-effects-on-baloxavir-susceptibility (дата обращения: 25.10.2024). 8. Recommended composition of influenza virus vaccines for use in the 2024-2025 northern hemisphere influenza season. [Электронный ресурс]. Режим доступа: https://www.who.int/publications/m/item/recommended-composition-of-influenza-virus-vaccines-for-use-in-the-2024-2025-northern-hemisphere-influenza-season (дата обращения: 25.10.2024). 9. Recommended composition of influenza virus vaccines for use in the 2024 southern hemisphere influenza season. [Электронный ресурс]. Режим доступа: https://www.who.int/publications/m/item/recommended-composition-of-influenza-virus-vaccines-for-use-in-the-2024-southern-hemisphere-influenza-season (дата обращения: 25.10.2024) 10. WHO and ECDC. Influenza virus characterization. Summary report, Europe, January 2024. [Электронный ресурс]. Режим доступа: https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/Euro-report_Jan24_corrected_150224.pdf (дата обращения: 25.10.2024) 11. Worldwide Influenza Centre, WHO CC for Reference and Research on Influenza, The Francis Crick Institute. Report prepared for the WHO Consultation on the Composition of Influenza Virus Vaccines for the Southern Hemisphere 2024. [Электронный ресурс]. Режим доступа: https://www.crick.ac.uk/sites/default/files/2023-11/WIC-VCM-SH2024.pdf (дата обращения: 25.10.2024) 12. Recommended composition of influenza virus vaccines for use in the 2024-2025 northern hemisphere influenza season. 13. WHO. Global Influenza Programme. FluNet. [Электронный ресурс]. Режим доступа: https://www.who.int/tools/flunet (дата обращения: 25.10.2024). 14. Роспотребнадзор: в рамках Всероссийской кампании по вакцинации против гриппа привито свыше 76,5 млн человек. [Электронный ресурс]. Режим доступа: https://www.rospotrebnadzor.ru/about/info/news/news_details.php?ELEMENT_ID=26491&sphrase_id=5219733 (дата обращения: 25.10.2024).

ReferencesUyeki TM. High-risk groups for influenza complications. JAMA. 2020;324(22):2334. doi: 10.1001/jama.2020.21869Uyeki TM. High-risk groups for influenza complications. JAMA. 2020;324(22):2334. doi: 10.1001/jama.2020.21869Lytras T, Pantavou K, Mouratidou E, Tsiodras S. Mortality attributable to seasonal influenza in Greece, 2013 to 2017: Variation by type/subtype and age, and a possible harvesting effect. Euro Surveill. 2019;24(14):1800118. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2019.24.14.1800118Lytras T, Pantavou K, Mouratidou E, Tsiodras S. Mortality attributable to seasonal influenza in Greece, 2013 to 2017: Variation by type/subtype and age, and a possible harvesting effect. Euro Surveill. 2019;24(14):1800118. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2019.24.14.1800118Sominina A, Danilenko D, Komissarov AB, et al. Assessing the intense influenza A(H1N1)pdm09 epidemic and vaccine effectiveness in the post-COVID season in the Russian Federation. Viruses. 2023;15(8):1780. doi: 10.3390/v15081780Sominina A, Danilenko D, Komissarov AB, et al. Assessing the intense influenza A(H1N1)pdm09 epidemic and vaccine effectiveness in the post-COVID season in the Russian Federation. Viruses. 2023;15(8):1780. doi: 10.3390/v15081780Ilyicheva T, Durymanov A, Susloparov I, et al. Fatal cases of seasonal influenza in Russia in 2015–2016. PLoS One. 2016;11(10):e0165332. doi: 10.1371/journal.pone.0165332Ilyicheva T, Durymanov A, Susloparov I, et al. Fatal cases of seasonal influenza in Russia in 2015–2016. PLoS One. 2016;11(10):e0165332. doi: 10.1371/journal.pone.0165332Святченко С.В., Дурыманов А.Г., Суслопаров И.М. и др. Тяжелые случаи заболевания гриппом на территории Российской Федерации в течение эпидемических сезонов 2015–2016 и 2016–2017 // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2018. № 1. С. 32–39. doi: 10.36233/0372-9311-2018-1-32-39Svyatchenko SV, Durymanov AG, Susloparov IM, et al. Severe cases of seasonal influenza in Russia in 2015–2016 and 2016–2017. Zhurnal Mikrobiologii, Epidemiologii i Immunobiologii. 2018;(1):32-39. (In Russ.) doi: 10.36233/0372-9311-2018-1-32-39Kolosova NP, Ilyicheva TN, Danilenko AV, et al. Severe cases of seasonal influenza in Russia in 2017–2018. PLoS One. 2019;14(7):e0220401. doi: 10.1371/journal.pone.0220401Kolosova NP, Ilyicheva TN, Danilenko AV, et al. Severe cases of seasonal influenza in Russia in 2017–2018. PLoS One. 2019;14(7):e0220401. doi: 10.1371/journal.pone.0220401Liang Y. Pathogenicity and virulence of influenza. Virulence. 2023;14(1):2223057. doi: 10.1080/21505594.2023.2223057Liang Y. Pathogenicity and virulence of influenza. Virulence. 2023;14(1):2223057. doi: 10.1080/21505594.2023.2223057Belser JA, Jayaraman A, Raman R, et al. Effect of D222G mutation in the hemagglutinin protein on receptor binding, pathogenesis and transmissibility of the 2009 pandemic H1N1 influenza virus. PLoS One. 2011;6(9):e25091. doi: 10.1371/journal.pone.0025091Belser JA, Jayaraman A, Raman R, et al. Effect of D222G mutation in the hemagglutinin protein on receptor binding, pathogenesis and transmissibility of the 2009 pandemic H1N1 influenza virus. PLoS One. 2011;6(9):e25091. doi: 10.1371/journal.pone.0025091Danilenko AV, Kolosova NP, Shvalov AN, et al. Evaluation of HA–D222G/N polymorphism using targeted NGS analysis in A(H1N1)pdm09 influenza virus in Russia in 2018–2019. PLoS One. 2021;16(4):e0251019. doi: 10.1371/journal.pone.0251019Danilenko AV, Kolosova NP, Shvalov AN, et al. Evaluation of HA–D222G/N polymorphism using targeted NGS analysis in A(H1N1)pdm09 influenza virus in Russia in 2018–2019. PLoS One. 2021;16(4):e0251019. doi: 10.1371/journal.pone.0251019Kolosova NP, Boldyrev ND, Svyatchenko SV, et al. An investigation of severe influenza cases in Russia during the 2022–2023 epidemic season and an analysis of HAD222G/N polymorphism in newly emerged and dominant clade 6B.1A.5a.2a A(H1N1)pdm09 viruses. Pathogens. 2023;13(1):1. doi: 10.3390/pathogens13010001Kolosova NP, Boldyrev ND, Svyatchenko SV, et al. An investigation of severe influenza cases in Russia during the 2022–2023 epidemic season and an analysis of HAD222G/N polymorphism in newly emerged and dominant clade 6B.1A.5a.2a A(H1N1)pdm09 viruses. Pathogens. 2023;13(1):1. doi: 10.3390/pathogens13010001Olsen SJ, Azziz-Baumgartner E, Budd AP, et al. Decreased influenza activity during the COVID-19 pandemic – United States, Australia, Chile, and South Africa, 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. 2020;69(37):1305-1309. doi: 10.15585/mmwr.mm6937a6Olsen SJ, Azziz-Baumgartner E, Budd AP, et al. Decreased influenza activity during the COVID-19 pandemic – United States, Australia, Chile, and South Africa, 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. 2020;69(37):1305-1309. doi: 10.15585/mmwr.mm6937a6Chow EJ, Uyeki TM, Chu HY. The effects of the COVID-19 pandemic on community respiratory virus activity. Nat Rev Microbiol. 2023;21(3):195-210. doi: 10.1038/s41579-022-00807-9Chow EJ, Uyeki TM, Chu HY. The effects of the COVID-19 pandemic on community respiratory virus activity. Nat Rev Microbiol. 2023;21(3):195-210. doi: 10.1038/s41579-022-00807-9Adlhoch C, Mook P, Lamb F, et al. Very little influenza in the WHO European Region during the 2020/21 season, weeks 40 2020 to 8 2021. Euro Surveill. 2021;26(11):2100221. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2021.26.11.2100221Adlhoch C, Mook P, Lamb F, et al. Very little influenza in the WHO European Region during the 2020/21 season, weeks 40 2020 to 8 2021. Euro Surveill. 2021;26(11):2100221. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2021.26.11.2100221Bolton MJ, Ort JT, McBride R, et al. Antigenic and virological properties of an H3N2 variant that continues to dominate the 2021–22 Northern Hemisphere influenza season. Cell Rep. 2022;39(9):110897. doi: 10.1016/j.celrep.2022.110897Bolton MJ, Ort JT, McBride R, et al. Antigenic and virological properties of an H3N2 variant that continues to dominate the 2021–22 Northern Hemisphere influenza season. Cell Rep. 2022;39(9):110897. doi: 10.1016/j.celrep.2022.110897Болдырев Н.Д., Панова А.С., Колосова Н.П. и др. Сравнительный анализ вирусов гриппа, выделенных от Сведения об авторах: первых и тяжелых случаев, в эпидемических сезонах до и во время пандемии COVID-19 в Российской Федерации (2019–2023 гг.) // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2023. № 41 (4). С. 21-30. doi: 10.17116/molgen20234104121Boldyrev ND, Panova AS, Kolosova NP, et al. Comparative analysis of influenza viruses isolated from first and severe cases in Russia in epidemiological seasons before and during COVID-19 pandemic (2019–2023). Molekulyarnaya Genetika, Mikrobiologiya i Virusologiya. 2023;41(4):21-30. (In Russ.) doi: 10.17116/molgen20234104121Maurel M, Howard J, Kissling E, et al. Interim 2023/24 influenza A vaccine effectiveness: VEBIS European primary care and hospital multicentre studies, September 2023 to January 2024. Euro Surveill. 2024;29(8):2400089. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2024.29.8.2400089Maurel M, Howard J, Kissling E, et al. Interim 2023/24 influenza A vaccine effectiveness: VEBIS European primary care and hospital multicentre studies, September 2023 to January 2024. Euro Surveill. 2024;29(8):2400089. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2024.29.8.2400089Zhu W, Gu L. Resurgence of seasonal influenza driven by A/H3N2 and B/Victoria in succession during the 2023–2024 season in Beijing showing increased population susceptibility. J Med Virol. 2024;96(6):e29751. doi: 10.1002/jmv.29751Zhu W, Gu L. Resurgence of seasonal influenza driven by A/H3N2 and B/Victoria in succession during the 2023–2024 season in Beijing showing increased population susceptibility. J Med Virol. 2024;96(6):e29751. doi: 10.1002/jmv.29751Nobusawa E, Sato K. Comparison of the mutation rates of human influenza A and B viruses. J Virol. 2006;80(7):3675-3678. doi: 10.1128/JVI.80.7.3675-3678.2006Nobusawa E, Sato K. Comparison of the mutation rates of human influenza A and B viruses. J Virol. 2006;80(7):3675-3678. doi: 10.1128/JVI.80.7.3675-3678.2006Lytras T, Andreopoulou A, Gkolfinopoulou K, Mouratidou E, Tsiodras S. Association between type-specific influenza circulation and incidence of severe laboratory-confirmed cases; which subtype is the most virulent? Clin Microbiol Infect. 2020;26(7):922-927. doi: 10.1016/j.cmi.2019.11.018Lytras T, Andreopoulou A, Gkolfinopoulou K, Mouratidou E, Tsiodras S. Association between type-specific influenza circulation and incidence of severe laboratory-confirmed cases; which subtype is the most virulent? Clin Microbiol Infect. 2020;26(7):922-927. doi: 10.1016/j.cmi.2019.11.018Li L, Yan ZL, Luo L, et al. Influenza-associated excess mortality by age, sex, and subtype/lineage: Population-based time-series study with a distributed-lag nonlinear model. JMIR Public Health Surveill. 2023;9:e42530. doi: 10.2196/42530Li L, Yan ZL, Luo L, et al. Influenza-associated excess mortality by age, sex, and subtype/lineage: Population-based time-series study with a distributed-lag nonlinear model. JMIR Public Health Surveill. 2023;9:e42530. doi: 10.2196/42530Kolosova NP, Ilyicheva TN, Unguryan VV, et al. Re-emergence of circulation of seasonal influenza during COVID-19 pandemic in Russia and receptor specificity of new and dominant clade 3C.2a1b.2a.2 A(H3N2) viruses in 2021–2022. Pathogens. 2022;11(11):1388. doi: 10.3390/pathogens11111388Kolosova NP, Ilyicheva TN, Unguryan VV, et al. Re-emergence of circulation of seasonal influenza during COVID-19 pandemic in Russia and receptor specificity of new and dominant clade 3C.2a1b.2a.2 A(H3N2) viruses in 2021–2022. Pathogens. 2022;11(11):1388. doi: 10.3390/pathogens11111388

The authors declare that there are no conflicts of interest present.