Раков Алексей Владимирович – канд. мед. наук, ст. науч. сотр. лаборатории молекулярной эпидемиологии и экологии патогенных бактерий
ул. Сельская, д. 1, г. Владивосток, 690087
Alexey V. Rakov, Candidate of Medical Sciences, Senior Researcher, Laboratory of Molecular Epidemiology and Ecology of Pathogenic Bacteria
1 Selskaya Street, Vladivostok, 690087
Кузнецова Наталья Анатольевна – канд. мед. наук, ст. науч. сотр. лаборатории молекулярной эпидемиологии и экологии патогенных бактерий
ул. Сельская, д. 1, г. Владивосток, 690087
Natalya A. Kuznetsova, Candidate of Medical Sciences, Senior Researcher, Laboratory of Molecular Epidemiology and Ecology of Pathogenic Bacteria
1 Selskaya Street, Vladivostok, 690087
Mastriani Emilio – PhD, Senior researcher
ул. Баодзянь, 157, г. Харбин, 150081
Emilio Mastriani, PhD, Senior Researcher, Genomics Research Center
157 Baojian Road, Harbin, 150081
Шубин Феликс Николаевич – д-р мед. наук, Лаборатория молекулярной эпидемиологии и экологии патогенных бактерий
ул. Сельская, д. 1, г. Владивосток, 690087
Felix N. Shubin, D.M.Sc., Laboratory of Molecular Epidemiology and Ecology of Pathogenic Bacteria
1 Selskaya Street, Vladivostok, 690087
Введение. Сальмонеллезная инфекция занимает лидирующие позиции в структуре острых кишечных инфекций, вызванных бактериальными патогенами. В последние годы в связи с развитием молекулярно-генетических методов и внедрением технологий компьютерной обработки полученных данных особое значение приобретает совершенствование системы эпидемиологического надзора в соответствии с мировыми научными достижениями. Цель исследования. В настоящем обзоре представлены историческая справка по развитию молекулярно-генетических методов и компьютерных технологий в изучении сальмонеллезной инфекции и современное положение в изучении данного вопроса в Российской Федерации на примере Научно-исследовательского института эпидемиологии и микробиологии имени Г.П. Сомова Роспотребнадзора – одного из ведущих российских центров по изучению сальмонелл. Материалы и методы. Использовались базы данных лаборатории молекулярной эпидемиологии НИИ эпидемиологии и микробиологии им. Г.П. Сомова Роспотребнадзора, базы данных Web of Science, PubMed, Scopus, Elsevier, Springer и Google Scholar. Результаты. Со второй половины 1980х годов был введен в практическое использование метод анализа плазмидных ДНК бактерий рода Salmonella. С 1990 года данный метод является основой микробиологического молекулярногенетического мониторинга за возбудителями сальмонеллеза. География исследуемых штаммов, в 1990х годах охватывавшая только Приморский край, в 2000х годах выросла до Дальневосточного и Сибирского федеральных округов Российской Федерации. Исследования, проведенные в лаборатории молекулярной эпидемиологии, позволили усовершенствовать систему эпидемиологического надзора за возбудителем сальмонеллеза на Дальнем Востоке и выявить структуру популяции сальмонелл на основе метода анализа плазмид, содержащихся в штаммах Salmonella. Заключение. Таким образом, в процессе проводимых исследований был решен ряд вопросов, относящихся к микробиологии, эпидемиологии, клинике и профилактике сальмонеллезной инфекции. Рассмотрены перспективы развития молекулярно-генетических методов и компьютерных технологий в изучении сальмонеллезной инфекции в системе эпидемиологического надзора в Российской Федерации. Подчеркивается особое значение полногеномного секвенирования как нового «золотого стандарта» в молекулярной эпидемиологии.
Introduction: Salmonella infection occupies a leading position in the structure of acute intestinal infections caused by bacterial pathogens. In recent years, with the development of molecular genetic methods and introduction of techniques of computerized data processing, the improvement of the epidemiological surveillance system in the light of the world scientific achievements has become of particular importance. This review is aimed at presenting the history of developing molecular genetic methods and computer technologies in the study of Salmonella infection, and the update on the issue in the Russian Federation based on recent findings of the Research Institute of Epidemiology and Microbiology named after G.P. Somov, one of the leading Russian centers for the study of Salmonella. Materials and methods: We used databases of the Laboratory of Molecular Epidemiology of Somov Research Institute of Epidemiology and Microbiology, and did a literature search in the Web of Science, PubMed, Scopus, Elsevier, Springer, and Google Scholar. Results: Since the second half of the 1980s, the method of plasmid DNA analysis of bacteria of the Salmonella genus has been put into practice. Since 1990, this method has been the basis for microbiological molecular genetic monitoring of the pathogen. The geography of the studied strains, restricted to Primorsky Krai in the 1990s, already in the 2000s encompassed the Far Eastern and Siberian Federal Districts of the Russian Federation. The studies conducted by the Laboratory of Molecular Epidemiology helped improve the system of epidemiological surveillance of the causative agent of salmonellosis in the Far East and revealed the structure of the Salmonella population based on the analysis of plasmids contained in Salmonella strains. Conclusion: Several issues related to microbiology, epidemiology, clinical picture, and prevention of Salmonella infection were resolved during the comprehensive research. We discuss prospects for the development of molecular genetic methods and computer technologies in the study of Salmonella infection in the epidemiological surveillance system in the Russian Federation and emphasize the importance of whole-genome sequencing as a new “gold standard” in molecular epidemiology.
The authors declare that there are no conflicts of interest present.