sredobЗдоровье населения и среда обитания – ЗНиСОPublic Health and Life Environment – PH&LE2219-52382619-0788ФБУЗ ФЦГиЭ Роспотребнадзора10.35627/2219-5238/2024-32-11-68-74sredob-2375Research ArticleЭПИДЕМИОЛОГИЯEPIDEMIOLOGYИзучение вирусов гриппа, выявленных в случаях с летальным исходом в Российской Федерации в эпидемическом сезоне 2023–2024 гг.Influenza Viruses Detected in Lethal Cases in the Russian Federation in the 2023–2024 Respiratory Virus Seasonhttps://orcid.org/0000-0001-8854-0287БолдыревН. Д.BoldyrevN. D.

Болдырев Никита Дмитриевич – младший научный сотрудник отдела зоонозных инфекций и гриппа

р.п. Кольцово,  Новосибирская область, 630559

Nikita D. Boldyrev, Junior Researcher, Department of Zoonotic Infectious Diseases and Influenza

Koltsovo, Novosibirsk Region, 630559

boldyrev_nd@vector.nsc.ruhttps://orcid.org/0000-0003-0556-0552ПановаА. С.PanovA. S.

Панова Анастасия Сергеевна – к.б.н., старший научный сотрудник отдела зоонозных инфекций и гриппа

р.п. Кольцово,  Новосибирская область, 630559

Anastasia S. Panova, Cand. Sci. (Biol.), Senior Researcher, Department of Zoonotic Infectious Diseases and Influenza

Koltsovo, Novosibirsk Region, 630559

panova_as@vector.nsc.ruhttps://orcid.org/0000-0001-8865-8592КолосоваН. П.KolosovaN. P.

Колосова Наталья Петровна – к.б.н., старший научный сотрудник отдела зоонозных инфекций и гриппа

р.п. Кольцово,  Новосибирская область, 630559

Natalia P. Kolosova, Cand. Sci. (Biol.), Senior Researcher, Department of Zoonotic Infectious Diseases and Influenza

Koltsovo, Novosibirsk Region, 630559

panova_as@vector.nsc.ruhttps://orcid.org/0000-0003-3214-2794ДаниленкоА. В.DanilenkA. V.

Даниленко Алексей Валерьевич – к.б.н., старший научный сотрудник отдела зоонозных инфекций и гриппа

р.п. Кольцово,  Новосибирская область, 630559

Alexey V. Danilenko, Cand. Sci. (Biol.), Senior Researcher, Department of Zoonotic Infectious Diseases and Influenza

Koltsovo, Novosibirsk Region, 630559

danilenko_av@vector.nsc.ruШадриноваК. Н.ShadrinovK. N.

Шадринова Кюнней Никифоровна – стажер-исследователь отдела зоонозных инфекций и гриппа

р.п. Кольцово,  Новосибирская область, 630559

Kiunnei N. Shadrinova, Research Intern, Department of Zoonotic Infectious Diseases and Influenza

Koltsovo, Novosibirsk Region, 630559

shadrinova_kn@vector.nsc.ruhttps://orcid.org/0000-0003-4573-5783СвятченкоС. В.SvyatchenkoS. V.

Святченко Светлана Викторовна – младший научный сотрудник отдела зоонозных инфекций и гриппа

р.п. Кольцово,  Новосибирская область, 630559

Svetlana V. Svyatchenko, Junior Researcher, Department of Zoonotic Infectious Diseases and Influenza

Koltsovo, Novosibirsk Region, 630559

svyatchenko_sv@vector.nsc.ruhttps://orcid.org/0000-0002-1547-1708ОнхоноваГ. С.OnkhonovaG. S.

Онхонова Галина Сергеевна – научный сотрудник отдела зоонозных инфекций и гриппа

р.п. Кольцово,  Новосибирская область, 630559

Galina S. Onkhonova, Researcher, Department of Zoonotic Infectious Diseases and Influenza

Koltsovo, Novosibirsk Region, 630559

onhonova_gs@vector.nsc.ruМуратоваА. Р.MuratovaA. R.

Муратова Алина Романовна – стажер-исследователь отдела зоонозных инфекций и гриппа

р.п. Кольцово,  Новосибирская область, 630559

Alina R. Muratova, Research Intern, Department of Zoonotic Infectious Diseases and Influenza

Koltsovo, Novosibirsk Region, 630559

muratova_ar@vector.nsc.ruhttps://orcid.org/0009-0001-6753-597XГончароваН. И.GoncharovaN. N.

Гончарова Наталья Игоревна – младший научный сотрудник отдела зоонозных инфекций и гриппа

р.п. Кольцово,  Новосибирская область, 630559

Natalia N. Goncharova, Junior Researcher, Department of Zoonotic Infectious Diseases and Influenza

Koltsovo, Novosibirsk Region, 630559

goncharova_ni@vector.nsc.ruhttps://orcid.org/0000-0001-6952-6412ГудымоА. С.GudymoA. S.

Гудымо Андрей Сергеевич – научный сотрудник отдела зоонозных инфекций и гриппа

р.п. Кольцово,  Новосибирская область, 630559

Andrei S. Gudymo, Researcher, Department of Zoonotic Infectious Diseases and Influenza

Koltsovo, Novosibirsk Region, 630559

gudymo_as@vector.nsc.ruhttps://orcid.org/0000-0002-1339-6732МарченкоВ. Ю.MarchenkoV. Y.

Марченко Василий Юрьевич – д.б.н., ведущий научный сотрудник отдела зоонозных инфекций и гриппа

р.п. Кольцово,  Новосибирская область, 630559

Vasiliy Y. Marchenko, Dr. Sci. (Biol.), Leading Researcher, Department of Zoonotic Infectious Diseases and Influenza

Koltsovo, Novosibirsk Region, 630559

marchenko_vyu@vector.nsc.ruhttps://orcid.org/0000-0002-7009-0748РыжиковА. Б.RyzhikovA. B.

Рыжиков Александр Борисович – к.б.н., заведующий отделом зоонозных инфекций и гриппа

р.п. Кольцово,  Новосибирская область, 630559

Alexander B. Ryzhikov, Cand. Sci. (Biol.), Head of the Department of Zoonotic Infectious Diseases and Influenza

Koltsovo, Novosibirsk Region, 630559

ryzhik@vector.nsc.ruФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» РоспотребнадзораРоссияState Research Center for Virology and Biotechnology “Vector”Russian Federation20240912202432116874Copyright © Болдырев Н.Д., Панова А.С., Колосова Н.П., Даниленко А.В., Шадринова К.Н., Святченко С.В., Онхонова Г.С., Муратова А.Р., Гончарова Н.И., Гудымо А.С., Марченко В.Ю., Рыжиков А.Б., 20242024Болдырев Н.Д., Панова А.С., Колосова Н.П., Даниленко А.В., Шадринова К.Н., Святченко С.В., Онхонова Г.С., Муратова А.Р., Гончарова Н.И., Гудымо А.С., Марченко В.Ю., Рыжиков А.Б.Boldyrev N.D., Panov A.S., Kolosova N.P., Danilenk A.V., Shadrinov K.N., Svyatchenko S.V., Onkhonova G.S., Muratova A.R., Goncharova N.N., Gudymo A.S., Marchenko V.Y., Ryzhikov A.B.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://zniso.fcgie.ru/jour/article/view/2375Введение

Введение. Грипп является высококонтагиозным заболеванием и может приводить к тяжелым осложнениям, а в некоторых случаях – к летальному исходу, особенно в группах населения повышенного риска. Для разработки и оптимизации мер профилактики и лечения необходим постоянный мониторинг и тщательное изучение вирусов сезонного гриппа, особенно от случаев с тяжелым течением.

Цель исследования

Цель исследования: изучение генетических и антигенных свойств вирусов гриппа, выявленных в случаях с летальным исходом в Российской Федерации в эпидемическом сезоне 2023–2024 гг.

Материалы и методы

Материалы и методы. В период с 29.09.2023 по 01.06.2024 методом ПЦР было исследовано 859 образцов от пациентов с диагнозом грипп (мазки из носоглотки) и 101 образец аутопсийного материала (фрагменты трахеи, бронхов, легких) от летальных случаев заболевания из 57 регионов Российской Федерации. Для образцов с достаточным количеством генетического материала было проведено полногеномное секвенирование с использованием платформы Illumina MiSeq.

Результаты

Результаты. Сезон гриппа в 2023–2024 гг. в Российской Федерации характеризовался доминированием вирусов A/H3N2 субклады 2a.3a.1. В меньшей мере в 2023–2024 гг. выявлялись вирусы гриппа A/H1N1pdm09 и гриппа типа B. В течение сезона наблюдалась дополнительная диверсификация вирусов A/H3N2 с накоплением аминокислотных замен в антигенных сайтах гемагглютинина. Большинство случаев заболевания гриппом с летальным исходом в 2023–2024 гг. было связано с группой риска, при этом наблюдался низкий процент вакцинированных среди данных случаев. В вирусах A/H3N2 от летальных случаев не выявлено мутаций, ассоциированных с повышенной патогенностью и вирулентностью. Во всех исследованных в 2023–2024 гг. вирусах не было выявлено молекулярных маркеров лекарственной устойчивости к ингибиторам нейраминидазы и балоксавиру марбоксилу.

Выводы

Выводы. Вирусы A/H3N2 от летальных случаев заболевания гриппом, исследованные в ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора в эпидемическом сезоне 2023–2024 гг., были схожи с вирусами, выявленными в течение сезона у пациентов с благоприятным течением гриппа. Выявленные вирусы были генетически и антигенно схожи с вакцинным штаммом и не имели маркеров повышенной патогенности и лекарственной устойчивости.

Introduction

Introduction: Influenza is a highly contagious disease which can cause severe complications and even death, particularly in high-risk populations. Continuous monitoring and careful testing of seasonal influenza viruses, especially for severe cases, is necessary to develop and optimize prevention and treatment.

Objective

Objective: To establish genetic and antigenic characteristics of influenza viruses detected in lethal cases in the Russian Federation in the 2023–2024 respiratory virus season.

Materials and methods

Materials and methods: From September 29, 2023 to June 1, 2024, 859 specimens from influenza cases (nasopharyngeal swabs) and 101 autopsy specimens of trachea, bronchi, and lungs from lethal cases of the disease from 57 regions of the Russian Federation were analyzed by PCR. For those with a sufficient amount of genetic material, whole-genome sequencing was performed using the Illumina MiSeq platform.

Results

Results: The 2023–2024 influenza season in the Russian Federation was characterized by the dominance of A/H3N2 viruses of subclade 2a.3a.1. Influenza A/H1N1pdm09 and influenza type B viruses were detected to a lesser extent in that period. Additional diversification of A/H3N2 viruses was observed during the season with accumulation of amino acid substitutions in the hemagglutinin antigenic sites. Most lethal cases were among those at high risk and unvaccinated. No mutations associated with increased pathogenicity and virulence were identified in A/H3N2 viruses from lethal cases. No molecular markers of drug resistance to neuraminidase inhibitors and baloxavir marboxil were identified in all viruses tested in the 2023–2024 season.

Conclusion

Conclusion: Influenza A/H3N2 viruses from the lethal cases of the diseases tested at the State Research Center for Virology and Biotechnology “Vector” in the 2023–2024 respiratory virus season were similar to those detected in recovered patients. The isolated viruses were genetically and antigenically similar to the vaccine strain and had no markers of increased pathogenicity or drug resistance.

гриппмониторинглетальные случаиA/H3N2вакцинацияinfluenzamonitoringlethal casesA/H3N2vaccinationисследование выполнено в рамках государственного задания ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора. Благодарности: авторы выражают особую благодарность сотрудникам ФБУЗ «Центров гигиены и эпидемиологии» Роспотребнадзора за помощь в сборе и анализе образцов вирусов гриппа.The study was conducted within the framework of the state assignment of the State Research Center for Virology and Biotechnology “Vector”. Acknowledgments: The authors express their sincere gratitude to the personnel of the Russian regional Centers for Hygiene and Epidemiology of the Federal Service for Surveillance on Consumer Rights Protection and Human Wellbeing for their assistance in collecting and testing influenza specimens.ReferencesUyeki TM. High-risk groups for influenza complications. JAMA. 2020;324(22):2334. doi: 10.1001/jama.2020.21869Uyeki TM. High-risk groups for influenza complications. JAMA. 2020;324(22):2334. doi: 10.1001/jama.2020.21869Lytras T, Pantavou K, Mouratidou E, Tsiodras S. Mortality attributable to seasonal influenza in Greece, 2013 to 2017: Variation by type/subtype and age, and a possible harvesting effect. Euro Surveill. 2019;24(14):1800118. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2019.24.14.1800118Lytras T, Pantavou K, Mouratidou E, Tsiodras S. Mortality attributable to seasonal influenza in Greece, 2013 to 2017: Variation by type/subtype and age, and a possible harvesting effect. Euro Surveill. 2019;24(14):1800118. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2019.24.14.1800118Sominina A, Danilenko D, Komissarov AB, et al. Assessing the intense influenza A(H1N1)pdm09 epidemic and vaccine effectiveness in the post-COVID season in the Russian Federation. Viruses. 2023;15(8):1780. doi: 10.3390/v15081780Sominina A, Danilenko D, Komissarov AB, et al. Assessing the intense influenza A(H1N1)pdm09 epidemic and vaccine effectiveness in the post-COVID season in the Russian Federation. Viruses. 2023;15(8):1780. doi: 10.3390/v15081780Ilyicheva T, Durymanov A, Susloparov I, et al. Fatal cases of seasonal influenza in Russia in 2015–2016. PLoS One. 2016;11(10):e0165332. doi: 10.1371/journal.pone.0165332Ilyicheva T, Durymanov A, Susloparov I, et al. Fatal cases of seasonal influenza in Russia in 2015–2016. PLoS One. 2016;11(10):e0165332. doi: 10.1371/journal.pone.0165332Святченко С.В., Дурыманов А.Г., Суслопаров И.М. и др. Тяжелые случаи заболевания гриппом на территории Российской Федерации в течение эпидемических сезонов 2015–2016 и 2016–2017 // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2018. № 1. С. 32–39. doi: 10.36233/0372-9311-2018-1-32-39Svyatchenko SV, Durymanov AG, Susloparov IM, et al. Severe cases of seasonal influenza in Russia in 2015–2016 and 2016–2017. Zhurnal Mikrobiologii, Epidemiologii i Immunobiologii. 2018;(1):32-39. (In Russ.) doi: 10.36233/0372-9311-2018-1-32-39Kolosova NP, Ilyicheva TN, Danilenko AV, et al. Severe cases of seasonal influenza in Russia in 2017–2018. PLoS One. 2019;14(7):e0220401. doi: 10.1371/journal.pone.0220401Kolosova NP, Ilyicheva TN, Danilenko AV, et al. Severe cases of seasonal influenza in Russia in 2017–2018. PLoS One. 2019;14(7):e0220401. doi: 10.1371/journal.pone.0220401Liang Y. Pathogenicity and virulence of influenza. Virulence. 2023;14(1):2223057. doi: 10.1080/21505594.2023.2223057Liang Y. Pathogenicity and virulence of influenza. Virulence. 2023;14(1):2223057. doi: 10.1080/21505594.2023.2223057Belser JA, Jayaraman A, Raman R, et al. Effect of D222G mutation in the hemagglutinin protein on receptor binding, pathogenesis and transmissibility of the 2009 pandemic H1N1 influenza virus. PLoS One. 2011;6(9):e25091. doi: 10.1371/journal.pone.0025091Belser JA, Jayaraman A, Raman R, et al. Effect of D222G mutation in the hemagglutinin protein on receptor binding, pathogenesis and transmissibility of the 2009 pandemic H1N1 influenza virus. PLoS One. 2011;6(9):e25091. doi: 10.1371/journal.pone.0025091Danilenko AV, Kolosova NP, Shvalov AN, et al. Evaluation of HA–D222G/N polymorphism using targeted NGS analysis in A(H1N1)pdm09 influenza virus in Russia in 2018–2019. PLoS One. 2021;16(4):e0251019. doi: 10.1371/journal.pone.0251019Danilenko AV, Kolosova NP, Shvalov AN, et al. Evaluation of HA–D222G/N polymorphism using targeted NGS analysis in A(H1N1)pdm09 influenza virus in Russia in 2018–2019. PLoS One. 2021;16(4):e0251019. doi: 10.1371/journal.pone.0251019Kolosova NP, Boldyrev ND, Svyatchenko SV, et al. An investigation of severe influenza cases in Russia during the 2022–2023 epidemic season and an analysis of HAD222G/N polymorphism in newly emerged and dominant clade 6B.1A.5a.2a A(H1N1)pdm09 viruses. Pathogens. 2023;13(1):1. doi: 10.3390/pathogens13010001Kolosova NP, Boldyrev ND, Svyatchenko SV, et al. An investigation of severe influenza cases in Russia during the 2022–2023 epidemic season and an analysis of HAD222G/N polymorphism in newly emerged and dominant clade 6B.1A.5a.2a A(H1N1)pdm09 viruses. Pathogens. 2023;13(1):1. doi: 10.3390/pathogens13010001Olsen SJ, Azziz-Baumgartner E, Budd AP, et al. Decreased influenza activity during the COVID-19 pandemic – United States, Australia, Chile, and South Africa, 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. 2020;69(37):1305-1309. doi: 10.15585/mmwr.mm6937a6Olsen SJ, Azziz-Baumgartner E, Budd AP, et al. Decreased influenza activity during the COVID-19 pandemic – United States, Australia, Chile, and South Africa, 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. 2020;69(37):1305-1309. doi: 10.15585/mmwr.mm6937a6Chow EJ, Uyeki TM, Chu HY. The effects of the COVID-19 pandemic on community respiratory virus activity. Nat Rev Microbiol. 2023;21(3):195-210. doi: 10.1038/s41579-022-00807-9Chow EJ, Uyeki TM, Chu HY. The effects of the COVID-19 pandemic on community respiratory virus activity. Nat Rev Microbiol. 2023;21(3):195-210. doi: 10.1038/s41579-022-00807-9Adlhoch C, Mook P, Lamb F, et al. Very little influenza in the WHO European Region during the 2020/21 season, weeks 40 2020 to 8 2021. Euro Surveill. 2021;26(11):2100221. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2021.26.11.2100221Adlhoch C, Mook P, Lamb F, et al. Very little influenza in the WHO European Region during the 2020/21 season, weeks 40 2020 to 8 2021. Euro Surveill. 2021;26(11):2100221. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2021.26.11.2100221Bolton MJ, Ort JT, McBride R, et al. Antigenic and virological properties of an H3N2 variant that continues to dominate the 2021–22 Northern Hemisphere influenza season. Cell Rep. 2022;39(9):110897. doi: 10.1016/j.celrep.2022.110897Bolton MJ, Ort JT, McBride R, et al. Antigenic and virological properties of an H3N2 variant that continues to dominate the 2021–22 Northern Hemisphere influenza season. Cell Rep. 2022;39(9):110897. doi: 10.1016/j.celrep.2022.110897Болдырев Н.Д., Панова А.С., Колосова Н.П. и др. Сравнительный анализ вирусов гриппа, выделенных от Сведения об авторах: первых и тяжелых случаев, в эпидемических сезонах до и во время пандемии COVID-19 в Российской Федерации (2019–2023 гг.) // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2023. № 41 (4). С. 21-30. doi: 10.17116/molgen20234104121Boldyrev ND, Panova AS, Kolosova NP, et al. Comparative analysis of influenza viruses isolated from first and severe cases in Russia in epidemiological seasons before and during COVID-19 pandemic (2019–2023). Molekulyarnaya Genetika, Mikrobiologiya i Virusologiya. 2023;41(4):21-30. (In Russ.) doi: 10.17116/molgen20234104121Maurel M, Howard J, Kissling E, et al. Interim 2023/24 influenza A vaccine effectiveness: VEBIS European primary care and hospital multicentre studies, September 2023 to January 2024. Euro Surveill. 2024;29(8):2400089. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2024.29.8.2400089Maurel M, Howard J, Kissling E, et al. Interim 2023/24 influenza A vaccine effectiveness: VEBIS European primary care and hospital multicentre studies, September 2023 to January 2024. Euro Surveill. 2024;29(8):2400089. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2024.29.8.2400089Zhu W, Gu L. Resurgence of seasonal influenza driven by A/H3N2 and B/Victoria in succession during the 2023–2024 season in Beijing showing increased population susceptibility. J Med Virol. 2024;96(6):e29751. doi: 10.1002/jmv.29751Zhu W, Gu L. Resurgence of seasonal influenza driven by A/H3N2 and B/Victoria in succession during the 2023–2024 season in Beijing showing increased population susceptibility. J Med Virol. 2024;96(6):e29751. doi: 10.1002/jmv.29751Nobusawa E, Sato K. Comparison of the mutation rates of human influenza A and B viruses. J Virol. 2006;80(7):3675-3678. doi: 10.1128/JVI.80.7.3675-3678.2006Nobusawa E, Sato K. Comparison of the mutation rates of human influenza A and B viruses. J Virol. 2006;80(7):3675-3678. doi: 10.1128/JVI.80.7.3675-3678.2006Lytras T, Andreopoulou A, Gkolfinopoulou K, Mouratidou E, Tsiodras S. Association between type-specific influenza circulation and incidence of severe laboratory-confirmed cases; which subtype is the most virulent? Clin Microbiol Infect. 2020;26(7):922-927. doi: 10.1016/j.cmi.2019.11.018Lytras T, Andreopoulou A, Gkolfinopoulou K, Mouratidou E, Tsiodras S. Association between type-specific influenza circulation and incidence of severe laboratory-confirmed cases; which subtype is the most virulent? Clin Microbiol Infect. 2020;26(7):922-927. doi: 10.1016/j.cmi.2019.11.018Li L, Yan ZL, Luo L, et al. Influenza-associated excess mortality by age, sex, and subtype/lineage: Population-based time-series study with a distributed-lag nonlinear model. JMIR Public Health Surveill. 2023;9:e42530. doi: 10.2196/42530Li L, Yan ZL, Luo L, et al. Influenza-associated excess mortality by age, sex, and subtype/lineage: Population-based time-series study with a distributed-lag nonlinear model. JMIR Public Health Surveill. 2023;9:e42530. doi: 10.2196/42530Kolosova NP, Ilyicheva TN, Unguryan VV, et al. Re-emergence of circulation of seasonal influenza during COVID-19 pandemic in Russia and receptor specificity of new and dominant clade 3C.2a1b.2a.2 A(H3N2) viruses in 2021–2022. Pathogens. 2022;11(11):1388. doi: 10.3390/pathogens11111388Kolosova NP, Ilyicheva TN, Unguryan VV, et al. Re-emergence of circulation of seasonal influenza during COVID-19 pandemic in Russia and receptor specificity of new and dominant clade 3C.2a1b.2a.2 A(H3N2) viruses in 2021–2022. Pathogens. 2022;11(11):1388. doi: 10.3390/pathogens11111388

The authors declare that there are no conflicts of interest present.