sredobЗдоровье населения и среда обитания – ЗНиСОPublic Health and Life Environment – PH&LE2219-52382619-0788ФБУЗ ФЦГиЭ Роспотребнадзора10.35627/2219-5238/2019-321-12-42-50sredob-157Research ArticleЭПИДЕМИОЛОГИЯEPIDEMIOLOGYСовременные молекулярно-генетические технологии в изучении интенсивности эпидемического процесса энтеровирусной инфекции в ряде субъектов Сибирского федерального округа Российской ФедерацииState-of-the-art molecular genetic techniques in surveillance over intensity of enterovirus infection epidemic process in some constituent entities of the Siberian Federal District of the Russian Federationhttps://orcid.org/0000-0003-4438-6913СапегаЕлена ЮрьевнаSapegaE. Yu.evi.khv@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-7238-3691БутаковаЛ. В.ButakovaL. V.noemail@neicon.ruhttps://orcid.org/0000-0003-3050-4472ТроценкоО. Е.TrotsenkoO. E.noemail@neicon.ruhttps://orcid.org/0000-0002-6895-1000ЛапаС. Э.LapaS. E.noemail@neicon.ruhttps://orcid.org/0000-0003-3537-7564ПережогинА. Н.PerezhoginA. N.noemail@neicon.ruhttps://orcid.org/0000-0003-4691-752XЩучиновЛ. В.ShchuchinovL. V.noemail@neicon.ruhttps://orcid.org/0000-0002-4884-7919ХанхареевС. С.KhankhareevS. S.noemail@neicon.ruГоряевД. В.GoryaevD. V.noemail@neicon.ruhttps://orcid.org/0000-0001-6108-7638СалчакЛ. К.SalchakL. K.noemail@neicon.ruРомановаТ. Г.RomanovaT. G.noemail@neicon.ruФБУН «Хабаровский НИИ эпидемиологии и микробиологии» РоспотребнадзораРоссияKhabarovsk Research Institute of Epidemiology and MicrobiologyRussian FederationФБУН «Хабаровский НИИ эпидемиологии и микробиологии» Роспотребнадзора; ФГБОУ ВО «Дальневосточный государственный медицинский университет» Минздрава РоссииРоссияKhabarovsk Research Institute of Epidemiology and Microbiology; Far Eastern State Medical UniversityRussian FederationУправление Роспотребнадзора по Забайкальскому краюРоссияZabaikalsy Krai Rospotrebnadzor Regional OfficeRussian FederationУправление Роспотребнадзора по Иркутской областиРоссияIrkutsk Regional Rospotrebnadzor OfficeRussian FederationУправление Роспотребнадзора по Республике АлтайРоссияAltai Republican Rospotrebnadzor OfficeRussian FederationУправление Роспотребнадзора по Республике БурятияРоссияRepublic of Buryatia Rospotrebnadzor Regional OfficeRussian FederationУправление Роспотребнадзора по Красноярскому краюРоссияKrasnoyarsk Regional Rospotrebnadzor OfficeRussian FederationУправление Роспотребнадзора по Республике ТываРоссияTyva Republican Rospotrebnadzor OfficeRussian FederationУправление Роспотребнадзора по Республике ХакасияРоссияKhakassia Republican Rospotrebnadzor OfficeRussian Federation2019140420210124250Copyright © Сапега Е.Ю., Бутакова Л.В., Троценко О.Е., Лапа С.Э., Пережогин А.Н., Щучинов Л.В., Ханхареев С.С., Горяев Д.В., Салчак Л.К., Романова Т.Г., 20212021Сапега Е.Ю., Бутакова Л.В., Троценко О.Е., Лапа С.Э., Пережогин А.Н., Щучинов Л.В., Ханхареев С.С., Горяев Д.В., Салчак Л.К., Романова Т.Г.Sapega E.Y., Butakova L.V., Trotsenko O.E., Lapa S.E., Perezhogin A.N., Shchuchinov L.V., Khankhareev S.S., Goryaev D.V., Salchak L.K., Romanova T.G.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://zniso.fcgie.ru/jour/article/view/157

Введение. Энтеровирусная инфекция (ЭВИ) широко распространена в мире, имеет разнообразные эпидемиологические и клинические проявления. Однако к настоящему времени информации о закономерностях эпидемического процесса этой инфекции на территории ряда субъектов Сибирского федерального округа Российской Федерации (СФО) накоплено недостаточно. Цель исследования. Были изучены особенности эпидемического процесса ЭВИ в охваченных наблюдением субъектах СФО, в том числе с использованием высокотехнологичных молекулярно-генетических методов исследования. Материалы и методы. Проведен анализ многолетней динамики заболеваемости ЭВИ в анализируемых субъектах СФО. Методом секвенирования определены 237 типов энтеровирусов, циркулировавших в 2017-2018 гг. в изучаемых регионах, проведен филогенетический анализ полученных нуклеотидных последовательностей возбудителей. Результаты. Эпидемиологическая ситуация в отношении энтеровирусной инфекции в большинстве анализируемых субъектов СФО за последние два года характеризовалась неблагополучием. Значительный подъем заболеваемости наблюдался в Иркутской области, Забайкальском крае и республике Алтай. В регионах Сибири установлены основные проявления эпидемического процесса ЭВИ, к которым относятся: многолетнее превышение среднероссийского уровня заболеваемости с тенденцией роста ежегодных показателей; преобладание герпангины, экзантемы и энтеровирусного менингита в клинической картине заболевания; доминирование среди заболевших лиц детей в возрасте 3-6 лет; превалирование вирусов Коксаки А-6 и Коксаки А-9 в пейзаже циркулирующих на территории ряда субъектов СФО энтеровирусов; регистрация групповых и завозных случаев заболеваний. Обсуждение. Результаты исследования продемонстрировали важность такого компонента эпидемиологического надзора за ЭВИ, как молекулярно-генетический мониторинг циркулирующих энтеровирусов, проводимый на современном методическом уровне и позволяющий выявлять возможные эпидемиологические связи случаев заболеваний.

Background. Enterovirus infection is widely spread around the world. It has different epidemiologic and clinical manifestations. However, to date, the amount of accumulated information on the epidemic process of enterovirus infection in different constituent entities of the Siberian Federal district of the Russian Federation is insufficient. Objectives. Our objectives were to investigate characteristics of the enterovirus infection epidemic process in Siberian constituent entities subjected to surveillance using the innovative molecular genetic analysis. Materials and methods. The analysis of long-term enterovirus infection incidence in the investigated constituent entities of Siberia was performed. The total number of 237 enterovirus strains circulating during 2017-2018 epidemic seasons in the analyzed regions were isolated using sequencing technique. A phylogenetic analysis of the obtained nucleotide sequences was performed. Results. The epidemiologic situation related to enterovirus infection was unfavorable in the majority of the Siberian constituent entities in the past two years. A significant increase in incidence rates was registered in the Irkutsk Region, Zabaykalsky Krai and Altai Republic. We distinguished major manifestations of the enterovirus infection epidemic process including a years-long excess of the national average and a rising trend in the annual incidence rate, prevalence of herpangina, exanthema and enterovirus meningitis in the clinical course of the disease among children aged 3-6. Prevalence of Coxsackievirus A-6 and Coxsackievirus A-9 in the landscape of circulation was revealed in a number of Siberian regions. Group incidence and imported cases were also registered. Discussion. Our results demonstrated the importance of molecular genetic monitoring of circulating enteroviruses as part of the epidemiologic surveillance. This state-of-the-art approach can reveal potential epidemiologic links between cases of the disease.

энтеровирусная инфекцияэнтеровирусызаболеваемостьочаги групповой заболеваемостимолекулярно-генетический анализнуклеотидные последовательностигенотипenterovirus infectionenterovirusesincidencefoci of group incidencemolecular genetic analysisnucleotide sequencegenotypeReferencesКанаева О.И. Энтеровирусная инфекция: многообразие возбудителей и клинических форм // Инфекция и иммунитет. 2014. Т. 4. № 1. С. 27-36.Канаева О.И. Энтеровирусная инфекция: многообразие возбудителей и клинических форм // Инфекция и иммунитет. 2014. Т. 4. № 1. С. 27-36.Кожевникова Н.В., Резник В.И., Воронкова Г.М. и др. Проявления эпидемического процесса энтеровирусных инфекций в Дальневосточном федеральном округе // Дальневосточный журнал инфекционной патологии. 2008. № 13 (13). С. 9-17.Кожевникова Н.В., Резник В.И., Воронкова Г.М. и др. Проявления эпидемического процесса энтеровирусных инфекций в Дальневосточном федеральном округе // Дальневосточный журнал инфекционной патологии. 2008. № 13 (13). С. 9-17.Мартынова Г.П., Кутищева И.А., Бойцова Е.Б. и др. Энтеровирусная инфекция у детей: клинико-эпидемиологические особенности на современном этапе. // Детские инфекции. 2016. Т. 15. № 3. С. 15-18.Мартынова Г.П., Кутищева И.А., Бойцова Е.Б. и др. Энтеровирусная инфекция у детей: клинико-эпидемиологические особенности на современном этапе. // Детские инфекции. 2016. Т. 15. № 3. С. 15-18.Романенкова Н.И., Бичурина М.А., Голицына Л.Н. и др. Неполиомиелитные энтеровирусы, обусловившие подъем заболеваемости энтеровирусной инфекцией на 9. ряде территорий России в 2016 г. // Журнал инфектологии. 2017. Т. 9. № 3. С. 98-108.Романенкова Н.И., Бичурина М.А., Голицына Л.Н. и др. Неполиомиелитные энтеровирусы, обусловившие подъем заболеваемости энтеровирусной инфекцией на 9. ряде территорий России в 2016 г. // Журнал инфектологии. 2017. Т. 9. № 3. С. 98-108.Романенкова Н.И., Канаева О.И., Бичурина М.А., Розаева Н.Р. Детекция неполиомиелитных энтеро- 10. вирусов у детей с острыми вялыми параличами из организованных коллективов и семей мигрантов // Журнал инфектологии. 2014. Т. 9. № 3. С. 43-48.Романенкова Н.И., Канаева О.И., Бичурина М.А., Розаева Н.Р. Детекция неполиомиелитных энтеро- 10. вирусов у детей с острыми вялыми параличами из организованных коллективов и семей мигрантов // Журнал инфектологии. 2014. Т. 9. № 3. С. 43-48.Севостьянова А.В., Борисова Т.И., Гаврилова Т.А. и 11. др. Этиологическая характеристика энтеровирусной инфекции в Иркутской области на основе молекулярно-генетического типирования // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2018. Т. 36. 12. № 2. С. 93-98.Севостьянова А.В., Борисова Т.И., Гаврилова Т.А. и 11. др. Этиологическая характеристика энтеровирусной инфекции в Иркутской области на основе молекулярно-генетического типирования // Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2018. Т. 36. 12. № 2. С. 93-98.Сергеева И.В. Особенности течения энтеровирусной инфекции в Красноярском крае в августе-сентябре 13. 2016 года // Международный академический вестник. 2016. № 5 (17). С. 38-40.Сергеева И.В. Особенности течения энтеровирусной инфекции в Красноярском крае в августе-сентябре 13. 2016 года // Международный академический вестник. 2016. № 5 (17). С. 38-40.Тевеленок О.Г., Королева Г.А., Далматов В.В., Опейкина Н.Н. Эпидемиологические аспекты энтеровирусной 14. инфекции в Красноярском крае // Здоровье населения и среда обитания. 1999. № 7. С. 21-25.Тевеленок О.Г., Королева Г.А., Далматов В.В., Опейкина Н.Н. Эпидемиологические аспекты энтеровирусной 14. инфекции в Красноярском крае // Здоровье населения и среда обитания. 1999. № 7. С. 21-25.Тихонова Е.П., Андронова Н.В., Кузьмина Т.Ю. и др. Особенности клиники и эпидемиологии энтеровирусной инфекции в сезон 2016 г: в Красноярском крае // Успехи современной науки и образования. 2017. Т. 6. № 2. С. 107-111.Тихонова Е.П., Андронова Н.В., Кузьмина Т.Ю. и др. Особенности клиники и эпидемиологии энтеровирусной инфекции в сезон 2016 г: в Красноярском крае // Успехи современной науки и образования. 2017. Т. 6. № 2. С. 107-111.Хохлова З.А., Гилёва Р.А., Середа Т.В. и др. Клинико-эпидемиологические особенности энтеровирусного менингита в период сезонной вспышки 2015 года // Журнал инфектологии. 2016. Т. 8. № 3. С. 83-91.Хохлова З.А., Гилёва Р.А., Середа Т.В. и др. Клинико-эпидемиологические особенности энтеровирусного менингита в период сезонной вспышки 2015 года // Журнал инфектологии. 2016. Т. 8. № 3. С. 83-91.Фомина С.Г., Голицына Л.Н., Новикова Н.А. и др. Молекулярно-генетическая характеристика энтеровирусов человека, обнаруженных у детей с гастроэнтеритом в Нижнем Новгороде // Медицинский Альманах. 2009. № 2 (7). С. 121-123.Фомина С.Г., Голицына Л.Н., Новикова Н.А. и др. Молекулярно-генетическая характеристика энтеровирусов человека, обнаруженных у детей с гастроэнтеритом в Нижнем Новгороде // Медицинский Альманах. 2009. № 2 (7). С. 121-123.Drummond AJ, Suchard MA, Xie D, etc. Bayesian phylogenetics with BEAUTi and the BEAST 1.7. Mol Biol Evol. 2012; 29(8):1969-73. D0I: 10.1093/molbev/mss075Drummond AJ, Suchard MA, Xie D, etc. Bayesian phylogenetics with BEAUTi and the BEAST 1.7. Mol Biol Evol. 2012; 29(8):1969-73. D0I: 10.1093/molbev/mss075de Graaf H, Pelosi E, Cooper A, et al. Severe enterovirus infections in hospitalized children in the South of England: clinical phenotypes and causative genotypes. Pediatr Infect Dis J. 2016; 35(7):723-7. D0I: 10.1097/INF.0000000000001093de Graaf H, Pelosi E, Cooper A, et al. Severe enterovirus infections in hospitalized children in the South of England: clinical phenotypes and causative genotypes. Pediatr Infect Dis J. 2016; 35(7):723-7. D0I: 10.1097/INF.0000000000001093Guo WP, Lin XD, Chen YP, et al. Fourteen types of co-circulating recombinant enterovirus were associated with hand, foot, and mouth disease in children from Wenzhou, China. J Clin Virol. 2015; 70:29-38. D0I: 10.1016/j. jcv.2015.06.093Guo WP, Lin XD, Chen YP, et al. Fourteen types of co-circulating recombinant enterovirus were associated with hand, foot, and mouth disease in children from Wenzhou, China. J Clin Virol. 2015; 70:29-38. D0I: 10.1016/j. jcv.2015.06.093He Y-Q, Chen L, Xu W-B, et al. Emergence, circulation, and spatiotemporal phylogenetic analysis of Coxsackievirus A6- and Coxsackievirus A10-Associated hand, foot, and mouth disease infections from 2008 to 2012 in Shenzhen, China. J Clin Microbiol. 2013; 51(11):3560-6. D0I: 10.1128/ JCM.01231-13He Y-Q, Chen L, Xu W-B, et al. Emergence, circulation, and spatiotemporal phylogenetic analysis of Coxsackievirus A6- and Coxsackievirus A10-Associated hand, foot, and mouth disease infections from 2008 to 2012 in Shenzhen, China. J Clin Microbiol. 2013; 51(11):3560-6. D0I: 10.1128/ JCM.01231-13Lukashev AN, Shumilina EY, Belalov IS, et al. Recombination strategies and evolutionary dynamics of the human enterovirus A global gene pool. J Gen Virol. 2014; 95(4):868-73. D0I: 10.1099/vir.0.060004-0Lukashev AN, Shumilina EY, Belalov IS, et al. Recombination strategies and evolutionary dynamics of the human enterovirus A global gene pool. J Gen Virol. 2014; 95(4):868-73. D0I: 10.1099/vir.0.060004-0Mirand A, Henquell C, Archimbaud C, et al. 0utbreak of hand, foot and mouth disease/herpangina associated with Coxsackievirus A6 and A10 infections in 2010, France: a large citywide, prospective observational study. Clin Microbiol Infect. 2012; 18(5):E110-8. D0I: 10.1111/j.1469-0691.2012.03789.xMirand A, Henquell C, Archimbaud C, et al. 0utbreak of hand, foot and mouth disease/herpangina associated with Coxsackievirus A6 and A10 infections in 2010, France: a large citywide, prospective observational study. Clin Microbiol Infect. 2012; 18(5):E110-8. D0I: 10.1111/j.1469-0691.2012.03789.xNguyen AT, Tran TT, Hoang VM, et al. Development and evaluation of a non-ribosomal random PCR and next-generation sequencing based assay for detection and sequencing of hand, foot and mouth disease pathogens. J Virol. 2016; 13:125. D0I: 10.1186/s12985-016-0580-9Nguyen AT, Tran TT, Hoang VM, et al. Development and evaluation of a non-ribosomal random PCR and next-generation sequencing based assay for detection and sequencing of hand, foot and mouth disease pathogens. J Virol. 2016; 13:125. D0I: 10.1186/s12985-016-0580-9Nix WA, 0berste MS, Pallansch MA. Sensitive, seminested PCR amplification of VP1 sequences for direct identification of all enterovirus serotypes from original clinical specimens. J Clin Microbiol. 2006; 44(8):2698-704.Nix WA, 0berste MS, Pallansch MA. Sensitive, seminested PCR amplification of VP1 sequences for direct identification of all enterovirus serotypes from original clinical specimens. J Clin Microbiol. 2006; 44(8):2698-704.Shapiro B, Rambaut A, Drummond AJ. Choosing appropriate substitution models for the phylogenetic analysis of protein-coding sequences. Mol Biol Evol. 2006; 23(1):7-9.Shapiro B, Rambaut A, Drummond AJ. Choosing appropriate substitution models for the phylogenetic analysis of protein-coding sequences. Mol Biol Evol. 2006; 23(1):7-9.Puenpa J, Vongpunsawad S, Dsterback R, et al. Molecular epidemiology and the evolution of human Сoxsacklevirus A6. J Gen Virol. 2016; 97(12):3225-31. D0I: 10.1099/ jgv.0.000619Puenpa J, Vongpunsawad S, Dsterback R, et al. Molecular epidemiology and the evolution of human Сoxsacklevirus A6. J Gen Virol. 2016; 97(12):3225-31. D0I: 10.1099/ jgv.0.000619

The authors declare that there are no conflicts of interest present.